PRED-SIGNAL supplementary material

	Sequences with predicted signal peptide
Organism name	Total sequences	PRED-SIGNAL	SignalPv3-NN (Gram+)	SignalPv3-HMM (Gram+)	SignalPv3-NN (Gram-)	SignalPv3-HMM (Gram-)	SignalPv3-NN (Euk)	SignalPv3-HMM (Euk)	SignalPv3-NN combined	SignalPv3-HMM combined	PrediSi (Gram+)	PrediSi (Gram-)	PrediSi (Euk)	PrediSi combined	Phobius
Aeropyrum_pernix	1841	176	210	162	178	164	291	278	26	35	241	241	319	23	167
Archaeoglobus_fulgidus	2420	188	216	209	170	238	405	292	49	52	221	256	354	23	244
Caldivirga_maquilingensis_IC-167	1963	162	170	159	114	155	349	190	32	29	155	163	272	26	143
Candidatus_Methanoregula_boonei_6A8	2450	288	276	295	233	277	430	277	69	65	353	330	459	60	222
Haloarcula_marismortui_ATCC_43049	3412	452	319	410	319	371	539	474	41	46	567	548	741	55	309
Halobacterium_sp	2075	288	175	227	205	208	277	323	16	25	328	338	415	19	186
Haloquadratum_walsbyi	2610	273	154	218	159	177	298	248	24	27	290	262	386	19	144
Hyperthermus_butylicus	1602	118	128	131	86	115	238	207	20	27	150	156	232	18	131
Ignicoccus_hospitalis_KIN4_I	1434	100	98	111	96	142	221	207	17	27	126	160	207	12	165
Metallosphaera_sedula_DSM_5348	2256	170	159	166	124	161	352	202	13	19	154	150	261	12	147
Methanobrevibacter_smithii_ATCC_35061	1795	146	140	143	104	150	244	113	42	44	130	125	220	26	107
Methanocaldococcus_jannaschii	1729	85	114	84	67	114	253	113	18	20	58	65	173	8	102
Methanococcoides_burtonii_DSM_6242	2273	243	234	255	190	261	398	261	93	93	231	241	372	51	230
Methanococcus_aeolicus_Nankai-3	1490	103	115	88	73	105	204	104	29	22	61	80	140	22	101
Methanococcus_maripaludis_C5	1813	146	139	124	84	137	267	154	32	36	93	108	196	14	130
Methanococcus_maripaludis_C6	1826	153	135	138	98	153	278	165	34	39	102	110	212	17	136
Methanococcus_maripaludis_C7	1788	168	162	146	102	161	291	182	44	38	120	118	225	19	152
Methanococcus_maripaludis_S2	1722	149	145	136	102	151	269	167	28	32	100	110	206	11	144
Methanococcus_vannielii_SB	1678	102	122	98	60	109	235	120	20	20	71	83	158	10	108
Methanocorpusculum_labreanum_Z	1739	163	159	195	113	180	298	177	35	42	179	186	315	26	144
Methanoculleus_marisnigri_JR1	2489	297	265	331	227	309	454	358	75	80	360	387	522	57	281
Methanopyrus_kandleri_AV19	1687	124	127	127	111	144	259	250	42	53	146	171	247	25	182
Methanosaeta_thermophila_PT	1696	185	174	185	166	198	279	238	67	70	154	212	294	23	211
Methanosarcina_acetivorans_C2A	4540	453	546	538	384	517	791	502	136	163	480	475	797	111	488
Methanosarcina_barkeri_fusaro	3606	470	480	483	394	483	707	476	177	193	435	430	678	117	449
Methanosarcina_mazei	3370	258	269	264	199	267	495	309	74	73	240	262	470	52	258
Methanosphaera_stadtmanae	1534	131	125	114	88	121	224	92	38	29	94	89	169	10	90
Methanospirillum_hungatei_JF-1	3139	377	370	421	309	401	619	397	153	131	382	388	610	77	358
Methanothermobacter_thermautotrophicus	1873	145	122	144	99	136	306	172	42	40	141	158	264	25	144
Nanoarchaeum_equitans	536	38	54	33	29	49	99	42	5	6	24	26	60	2	43
Natronomonas_pharaonis	2661	367	231	339	227	323	405	390	33	58	407	430	572	42	250
Nitrosopumilus_maritimus_SCM1	1795	222	224	232	142	230	321	200	63	89	183	191	235	36	182
Picrophilus_torridus_DSM_9790	1535	86	103	97	72	105	226	72	11	16	79	73	136	8	77
Pyrobaculum_aerophilum	2605	282	273	271	254	328	545	427	41	57	280	325	455	22	314
Pyrobaculum_arsenaticum_DSM_13514	2298	220	205	231	213	265	466	379	24	39	255	274	421	15	287
Pyrobaculum_calidifontis_JCM_11548	2149	255	228	257	219	275	467	414	36	42	277	308	428	11	293
Pyrobaculum_islandicum_DSM_4184	1978	186	172	187	157	201	358	270	18	33	186	191	326	12	211
Pyrococcus_abyssi	1896	139	146	159	103	164	360	216	30	41	123	119	250	20	186
Pyrococcus_furiosus	2125	163	191	184	115	202	374	255	40	55	143	147	287	22	214
Pyrococcus_horikoshii	1955	149	187	168	110	171	365	226	35	40	132	127	251	20	192
Staphylothermus_marinus_F1	1570	85	104	97	65	97	265	106	17	19	70	64	163	9	72
Sulfolobus_acidocaldarius_DSM_639	2223	137	158	131	94	128	326	144	24	18	117	119	225	17	112
Sulfolobus_solfataricus	2977	184	209	168	125	181	445	212	25	27	140	124	257	9	166
Sulfolobus_tokodaii	2825	178	243	180	129	194	471	204	25	25	154	139	288	14	169
Thermococcus_kodakarensis_KOD1	2306	237	252	270	212	286	483	346	68	79	232	230	413	32	266
Thermofilum_pendens_Hrk_5	1824	188	202	212	168	209	329	279	32	56	234	235	348	24	201
Thermoplasma_acidophilum	1482	107	93	96	72	101	191	86	13	19	98	96	166	5	78
Thermoplasma_volcanium	1499	101	86	84	66	96	176	91	24	36	80	95	154	3	68
TOTAL PREDICTED SEQUENCES	102089	9437	9209	9498	7226	9710	16943	11407	2050	2325	9376	9715	15349	1291	9054