English Version

ΚΑΘΗΓΗΤΗΣ ΣΤΑΥΡΟΣ Ι. ΧΑΜΟΔΡΑΚΑΣ





  1. Συνοπτικά βιογραφικά στοιχεία

  2. Σπουδές προπτυχιακές και μεταπτυχιακες

  3. Ανακοινώσεις σε συνέδρια

  4. Ερευνητικά ενδιαφέροντα

  5. Μέλος σε επιστημονικές εταιρίες - 'Αλλες δραστηριότητες

  6. Μονογραφίες

  7. Υποτροφίες - επιχορηγήσεις ερευνητικών προγραμμάτων

  8. Επίβλεψη διδακτορικών διατριβών

  9. Δημοσιεύσεις (σε διεθνή περιδικά)





1. ΣΥΝΟΠΤΙΚΑ ΒΙΟΓΡΑΦΙΚΑ ΣΤΟΙΧΕΙΑ

ΠΡΟΣΩΠΙΚΑ:

Ημ. γεν.:

10 Μαρτίου 1947

Πόλις :

Καλαμάτα

Δ/ση εργασίας:

Τμήμα Βιολογίας, Τομέας Βιολογίας Κυττάρου και Βιοφυσικής, Παν/μιο Αθηνών, Αθήνα 157 01, Ελλάς

Τηλ. :

+30-210-727 4931, +30-210-727 4545

FAX :

+30-210-727 4742, +30-210-727 4254

e-mail:

shamodr@biol.uoa.gr

Website:

http://bioinformatics.biοl.uoa.gr/msc

http://biophysics.biol.uoa.gr


[UP]

ΠΡΟΣΩΠΙΚΑ:

Παρούσες Θέσεις:

2. ΣΠΟΥΔΕΣ ΠΡΟΠΤΥΧΙΑΚΕΣ ΚΑΙ ΜΕΤΑΠΤΥΧΙΑΚΕΣ

1965

Απολυτήριο από το Α' Γυμνάσιο Αρρένων Καλαμάτας (Βαθμός Απολυτηρίου 18 4/9).

Εισαγωγή στο Τμήμα Φυσικής της Φυσ/κής Σχολής του Παν/μίου Αθηνών (υπότροφος του Ι.Κ.Υ).

1970

Πτυχίο Φυσικών Επιστημών (Λίαν Καλώς 7 3/8).

Εισαγωγή στο Astbury Department of Biophysics of the University of Leeds (U.K) με σκοπό την απόκτηση διδακτορικού διπλώματος.

1971-1974

Εργάστηκα ως research assistant (αμοιβόμενος) στο Astbury Dept. of Biophysics of the University of Leeds

1974

Διδάκτωρ της Φιλοσοφίας του Πανεπιστημίου του Leeds (Ph.D.) Η διδακτορική διατριβή μου περιλαμβάνει μελέτες με ακτίνες-Χ κρυσταλλικών δομών φαρμάκων και βιομικρομορίων και θεωρητικές μελέτες για την εύρεση σχέσεων μεταξύ δομής και δράσεως των ανωτέρων μορίων. Επέστρεψα το Σεπτέμβριο του 1974 στην Ελλάδα για να καταταγώ στις τάξεις του στρατού.

ΜΕΤΕΚΠΑΙΔΕΥΣΕΙΣ

1975

Κ.Π.Ε "Δημοκριτος"

Μελέτες της δομής φαρμάκων με κρυσταλλογραφία ακτίνων-Χ.

1977

Astbury Dept. of Biophysics, University of Leeds (U.K.).

Εκμάθηση πρόσφατων κρυσταλλογραφικών τεχνικών (Pr. A.C.T.North, Dr. A.J. Geddes, Dr. B. Sheldrick).

1979

Rosentiel Basic Medical Sciences Research Center, Brandeis University, USA. Ανάλυση και ανασυγκρότησηκρυσταλλικών βιολογικών δομών με περιθλασίμετρο Laser και με ηλεκτρονικό υπολογιστή (Dr. David DeRosier).

1979

The Biological Laboratories, Harvard University, USA.

Εκμάθηση και εφαρμογές των μεθοδολογιών της φασματοσκοπίας υπερερύθρου και φασματοσκοπίας Laser-Raman σε μελέτες βιολογικών δομών (Dr. S. Asher).

1980

European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Heidelberg, W. Germany. Περίθλαση ακτίνων-Χ σε μελέτες βιολογικών δομών (Dr. D. Marvin, Dr. C. Nave).

1980

Medical Research Council (MRC) Laboratory for MolecularBiology, Cambridge (U.K.). Περίθλαση ακτίνων-Χ σε μελέτες βιολογικών δομών (Dr.Aaron Klug, Dr. R. Henderson).

Ανάλυση αμινοξικών ακολουθιών με μεθόδους Fourier (Dr. A.McLachlan).

1987

European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Heidelberg, W.Germany. Εφαρμογές της περίθλασης ακτίνων-Χ σε μελέτες βιολογικών δομών.

1987

EMBL, Heidelberg, W.Germany. EMBO course "Electron microscope image analysis". Τρισδιάστατη ανάλυση βιολογικών δομών με ηλεκτρονική μικροσκοπία.

1987

EMBL, Heidelberg, W.Germany.

Κατασκευή μοντέλων δομών βιομορίων χρησιμοποιώντας ένα σύστημα intaractive graphics συνδεδεμένο με ηλεκτρονικό υπολογιστή (Dr. H. Bosshard).

Τεχνικές επανασύστασης κρυσταλλικών βιολογικών δομών με ηλεκτρονιογραφίες σειράς κλίσεων, πυκνομέτρηση και ηλεκτρονικό υπολογιστή (Dr. K. Leonard).

1987

EMBL, Heidelberg, W.Germany.

1984

Astbury Dept. of Biophysics, University of Leeds, U.K.

Στερεοδιαταξική ανάλυση μακρομορίων με ενεργειακούς υπολογισμούς.

1985

EMBL, Heidelberg, W.Germany.

1987

EMBL, Heidelberg, W.Germany.

Χρήση συστήματος interactive graphics, τραπεζών δεδομένων αμινοξικών ακολουθιών, πρωτεινικών δομών.

1990

Dept. of Medical Biophysics, University of Toronto, Canada

Εκπαίδευση σε σύγχρονες τεχνικές Η/Μ (Εnergy Loss Spectroscopy, Dark field Microscopy κ.λ.π), Φασματοσκοπία C.D και σε σύγχρονες κρυσταλλογραφικές τεχνικές.

1994

Dept. Of Biochemistry, University of Mississippi, Jackson, USA

Ανάπτυξη μεθόδου ανάλυσης φασμάτων ΙR και CD υδατικών διαλυμάτων πρωτεινών, γιά τον προσδιορισμό δευτεροταγούς δομής.

Πειραματικές μετρήσεις πρωτεινών με φασματοσκοπία FT-IR και CD.

1994

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Κρυσταλλογραφικές μέλέτες συμπλόκων της λεκτίνης Concanavalin A με σάκχαρα και υδροφοβικά μόρια. Μελέτες της δομής της τρικλινούς μορφής της.

1995

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Κρυσταλλογραφικές μελέτες συμπλόκων της λεκτίνης Concanavalin A με σάκχαρα και υδροφοβικά μόρια.

1996

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Κρυσταλλογραφικές μελέτες συμπλόκων της λεκτίνης Concanavalin A με σάκχαρα και υδροφοβικά μόρια.

1998

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Μελέτες αμυλοειδών ινιδίων δημιουργημένων από πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεινών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

1999

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Μελέτες αμυλοειδών ινιδίων δημιουργημένων από πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεινών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

2000

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Μελέτες αμυλοειδών ινιδίων δημιουργημένων από "μεταλλαγμένα" πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεινών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

2001

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Μελέτες αμυλοειδών ινιδίων δημιουργημένων από "μεταλλαγμένα" πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεινών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

2002

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Μελέτες αμυλοειδών ινιδίων δημιουργημένων από "μεταλλαγμένα" πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεινών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

2003

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Μελέτες αμυλοειδών ινιδίων δημιουργημένων από "μεταλλαγμένα" πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεινών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

2004

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Μελέτες αμυλοειδών ινιδίων δημιουργημένων από "μεταλλαγμένα" πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεινών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

2005

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Δομικές μελέτες μικρών συνθετικών πεπτιδίων - αναλόγων τμήματος της κεντρικής περιοχής της οικογένειας Α των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων: Αναζητηση "πυρήνων" αμυλοειδογένεσης.

2006

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Μελέτες αμυλοειδών ινιδίων δημιουργημένων από "μεταλλαγμένα" πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεινών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

2007

University of Colorado at Boulder, USA. Faculty of Molecular, Cellular and Developmental Biology

Mελέτη της οργάνωσης των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων με ηλεκτρονική τομογραφία.

2008

University of Colorado at Boulder, USA. Faculty of Molecular, Cellular and Developmental Biology

Πειραματικές μελέτες συνθετικών πεπτιδίων που έχουν προγνωστεί ως αμυλοειδογενείς καθοριστές, σε πρωτείνες που προκαλούν αμυλοειδώσεις, από το διαδικτυακό εργαλείο Amylpred.

2008

ΕMBL, Heidelberg, Germany

Πειραματικές μελέτες συνθετικών πεπτιδίων που έχουν προγνωστεί ως αμυλοειδογενείς καθοριστές, σε πρωτείνες που προκαλούν αμυλοειδώσεις, από το διαδικτυακό εργαλείο Amylpred.


[UP]

3. ΑΝΑΚΟΙΝΩΣΕΙΣ ΣΕ ΣΥΝΕΔΡΙΑ

ΔΙΕΘΝΗ

1973

British Biophysical Meeting (Leeds, U.K.)

1973

Premiere Congree Europeen de Cristallographie (Bordeaux, France) σαν ένας από τους εκπροσώπους του Ηνωμένου Βασιλείου (U.K.)

1. X-ray crystal structure of disodium cromoglycate.

Hamodrakas, S.J., Geddes, A.J., Sheldrick, B.

1978

1ο Σεμινάριο Ηλεκτρονικής Μικροσκοπίας και Μικροανάλυσης (Αθήνα):

2. Απομόνωση και ανάλυση κρυσταλλικής δομής του χορίου της Drosophila melanogaster.

Σ. Χαμόδρακας, Λ. Μαργαρίτης.

1980

2ο Συνέδριο Ηλεκτρονικής Μικροσκοπίας και Μικροανάλυσης (Αθήνα):

3. A crystalline layer in Drosophila eggshell: Arrangement of components as revealed by negative staining and reconstruction.

S. Hamodrakas, L. Margaritis.

1982

Διεθνές συνέδριο "Special FEBS (Federation of the European Biochemical Societies) Meeting on Cell Function and Differentiation" (Αθήνα, 25-29 Απριλίου):

4. Some structural features of Disulphide Bridges in Globular Proteins.

Charkiolakis, N., Hamodrakas, S. and Eliopoulos, E.

5. Fine structure of the chorion of Bombyx mori.

Hamodrakas, S., Margaritis, L., Papassideri, I., Lamnissou, K. and Kafatos, F.C.

1983

Διεθνές Συνέδριο "5th Balkan Biochemical and Biophysical Days" (Θεσσαλονίκη, 11-13 Μαίου):

6. Tandemly repeating peptides in the conservative domains of the A family of silkmoth chorion ptoteins.

Hamodrakas, S., Etmektzoglou, Th. and Kafatos, F.C.

1983

Workshop που οργανώνει η Ακαδημία Επιστημών της DDR με θέμα: "Structure and Evolution of Balbiani Ring Genes" (προσκεκλημένος ομιλητής):

7. Secondary structure prediction of the protein products of the Balbiani Ring Genes. Existence of tandemly repeating peptides in their sequences and their detection.

1983

Συμμετείχα στο "3rd Athens Seminar on Electron Microscopy and Microstructure":

8. Three dimensional reconstruction of a crystalline eggshell layer from Drosophila melanogaster.

Leonard, K.R., Hamodrakas, S.J and Margaritis, L.H.

1984

2nd International Congress for Cell Biology, Tokyo, Japan:

9. Morphogenesis of the eggshell in the silkmoth B. mori.

Papanicolaou, A., Margaritis, L.H. Hamodrakas, S.J.

1986

2ο workshop που οργάνωσε η Ακαδημία Επιστημών της DDR με θέμα:

10. Structure and Evolution of Balbiani Ring Genes

1987

ΙΧth International Symposium on Glycoconjugates, Lille, France:

11. On the structures of Concanavalin-A complexes with a-R-D mannopyranosides.

Troganis, A., Stassinopoulou, C.I., Alexandraki, E., Hamodrakas, S.J.

1988

14th International Congress of Biochemistry, Prague, Czechoslovakia:

12. The binding of a-Tempo-D-glucoside to Concanavalin A.

Stassinopoulou, C.I., Troganis, A., Hamodrakas, S.J., Alexandraki, E.

1989

III Balkan Congress on Electron Microscopy:

13. A common molecular architectural feature in helicoidal proteinaceous eggshels. Hamodrakas, S.J., Papadopoulou, P., Orfanidou, C., Kamitsos, E., Galanopoulos, V.

14. Molecular and supramolecular organization of the Salmo gairdneri eggshell.

Papadopoulou, P., Hamodrakas, S.J., Galanopoulos, V.

1990

"Greek-Israeli E.M symposium" (Tel-Aviv, Israel):

15. Three-dimensional reconstruction of innermost chorion layer (ICL) from Drosophila grimshawii and Drosophila eggshell mutant fs384.

Hamodrakas, S.J., Margaritis, L.H., Papassideri, I., Arad, T., Leonard, K.

1993

"Fifth International Conference on the Spectroscopy of Biological Molecules" (Λουτράκι):

16. Spectroscopic studies of eggshell protein structure in M.sexta and S.nonagrioides.

Orfanidou, C.C., Benaki, D.C., Chryssikos, G., Kamitsos, E.I., Case, S.T., Wellman, S.E., Hamodrakas, S.J.

1994

ΧΙΙΙth International Symposium on Medicinal Chemistry (Basel, Switzerland):

17. Synthesis and biological properties of a series of lipophilic s-triazines.

Tsantili-Kakoulidou, A., Antoniadou-Vyza, E., Tsitsa, P., Ioannidou, I., Perrakis, A., Hamodrakas, S.J., Roussakis, Ch.

1994

10th Balkan Biochemical and Biophysical Days

18. Structural studies of Manduca sexta and Sesamia nonagrioides chorion proteins.

Orfanidou, C.C., Hamodrakas, S.J.

1995

8th International Cyclodextrin Symposium (Budapest, Hungary)

19. Complexation of active antibacterial adamantanol derivatives with βCD. Structure determination by X-ray crystallography and 1H NMR.

Perrakis, A., Tsitsa, P., Hamodrakas, S.J., Antoniadou-Vyza, E.

1996

5th International Conference "Perspectives on Protein Engineering: From folds to functions":

20. The crystal structure of the complex of Concanavalin A with 4'-methylumbelliferyl-α-D-glucopyranoseide.

Hamodrakas, S.J., Kanellopoulos, P., Pavlou, K., Tucker, P.

1997

5th Conference in Advanced Medicinal Chemistry (Θεσ/νίκη):

21. Synthesis, physicochemical properties and biological evaluation of some non-classical antifolates.

Antoniadou-Vyza, E., Tsitsa, P., Michaleas, S., Tsantili-Kakoulidou, A., Papaioannou, S., Georgiadis, G., Axarlis, S., Mentis, S., Probonas, V., Papatheodorou, A., Hamodrakas, S.J.

1997

IV International Workshop on "The Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera" (Κολυμπάρι, Κρήτη):

22. Structural studies of peptide analogues of silkmoth chorion protein segments in solution and in the solid state.

Benaki, D., Hamodrakas, S.J.

1999

1st Multidisciplinary Workshop: Self-assembling peptide systems in Biology, Medicine and Engineering (Crete):

23. Amyloid-like fibrils from a peptide-analogue of silkmoth chorion proteins.

Iconomidou V.Α. and Hamodrakas S.J.

2001

2nd Multidisciplinary Workshop: Self-assembling peptide systems in Biology, Medicine and Engineering (Crete)

24. Structural Analysis Of Two "Mutant" Peptide-Analogues Of A Part Of The Central Domain Of The A-Family Silkmoth Chorion Proteins: Insights Into Amyloid-Like Fibril Formation.

Iconomidou, V.A. & Hamodrakas, S.J.

2001

V International Workshop on "The Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera" (Κολυμπάρι, Κρήτη):

25. A model structure of "soft"-cuticle proteins.

Iconomidou, V.A., Willis, J.H. and Hamodrakas, S.J.

26. Amyloid-like fibrils from a representative peptide-analogue of a part of the central domain of the B-family of silkmoth chorion proteins: implications for chorion structure.

Iconomidou, V.A. and Hamodrakas, S.J.

2003

Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (CMTPI, Thessaloniki, Greece)

27. A novel method for GPCR recognition and family classification using fingerprints derived from profile hidden Markov models.

Papasaikas, P.K., Bagos, P.G., Litou, Z.I. & Hamodrakas, S.J.

2003

Computational Methods in Sciences and Engineering, Proceedings of the International Conference 2003 (ICCMSE 2003)

28. Maximum Likelihood and Conditional Maximum Likelihood learning algorithms for Hidden Markov Models with labeled data-Application to transmembrane protein topology prediction. In T.E. Simos (ed). World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd. Singapore (ISBN 981-238-595-9): 47-55.

Pantelis G. Bagos, Theodore D. Liakopoulos and Stavros J. Hamodrakas.

2003

First International Conference on Biomedical Spectroscopy: From Molecules to Men, Cardiff, Wales

29. 'Silkmoth chorion (eggshell): a natural, protective amyloid'

Iconomidou V.A. and Hamodrakas S.J.

2003

Third Multidisciplinary Workshop: Self-assembly of peptides and proteins in Biology, Medicine and Engineering, Κρήτη

30. 'FT-Raman spectroscopy as diagnostic tool of Congo red binding to amyloids'

Iconomidou V.A. and Hamodrakas S.J.

2003

VI International Workshop on "The Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera" Κολυμπάρι, Κρήτη

31. 'Unique features of the structural model of hard cuticle proteins'

Iconomidou V.A., Willis, J.H. and Hamodrakas, S.J.

32. 'Amyloid fibrillogenesis of silkmoth chorion protein peptide-analogues via a liquid-crystallin intermediate'

Hamodrakas, S.J. and Iconomidou V.A.

2004

7th International Colloquium on Grammatical Inference (ICGI 2004)

33. 'Faster Gradient Descent Conditional Maximum Likelihood Training of Hidden Markov Models, Using Individual Learning Rate Adaptation', Lecture Notes In Computer Science

Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Hamodrakas, S.J.

2004

Computational Methods in Sciences and Engineering, Proceedings of the International Conference 2004 (ICCMSE 2004)

34. 'Efficient Training of Hidden Markov Models for protein sequence analysis. Lecture Series on Computers and Computational Science'

Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Hamodrakas, S.J.

2004

43rd Microsymposium: Polymer biomaterials: Biomimetic & Bioanalogous systems (Prague)

35. 'Structural analysis of two "mutant" peptide-analogues of a part of the central domain of the Β-family silkmoth chorion proteins: insight into amyloid-like fibril formation'

Iconomidou V.A. and Hamodrakas S.J.

2005

Forth Multidisciplinary Workshop: Self-assembling Peptide and Protein Systems in Biology, Medicine and Engineering (Crete)

36. 'Protective amyloids: A comparative study of amyloid-like features of two related peptide-analogues of the central, conservative domain of the A-family silkmoth chorion proteins'

Iconomidou V.A. and Hamodrakas S.J.

2005

Annual Meeting of Entomological Society of America 1909-1956-1903

37. 'Identification, expression and properties of a small family of cuticular proteins from Anopheles gambiae'

Iconomidou, V.A., Hamodrakas, S.J., Willis, J.H.

2006

VΙΙ International Workshop on "The Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera" (Kolympari, Crete)

38. 'Amyloid fibril formation propensity is inherent into the hexapeptide tandemly repeating motifs of the central domain of silkmoth chorion proteins'

Iconomidou V.A. and Hamodrakas S.J.

2007

Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB '07) (Moscow, Russia)

39. 'Consensus prediction of amyloidogenic determinants in amyloid fibril-forming proteins'

Hamodrakas, S.J. and Iconomidou, V.A.

2007

10th International Congress of Amino Acids and Proteins (Kalithea, Halkidiki)

40. 'Short amino acid stretches from sequences of silkmoth chorion proteins are amyloid fibril formers'

Iconomidou V.A. and Hamodrakas S.J.

2007

33rd FEBS Congress - 11th IUBMB Conference

41. 'Silkmoth chorion: a paradigm of a natural protective amyloid' Iconomidou V.A. and Hamodrakas S.J.

42. 'Prediction of Sortase substrates in Gram-positive bacteria with a Hidden Markov Model'

Litou, Z.I., Bagos, P.G., Tsirigos, K.G., Liakopoulos, T.D., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.

43. 'A database of experimentally derived topological models of transmembrane proteins'

Tsaousis, G., Tsirigos, K., Andrianou, X., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.

44. 'A comprehensive analysis of experimentally verified archaeal signal peptides reveals unexpected findings'

Tsirigos, K. D., Bagos, P.G., Plessas, S.K, Hamodrakas, S.

45. 'Theoretical studies on the adaptation mechanisms of dihydrofolate reductase from psychrophiles'

Kastritis, P., Karamanos, Th., Papandreou, N. and Hamodrakas, S.

46. 'Theoretical studies of silkmoth chorion protein interactions ? insights into amyloid fibril structure'

Karamanos, Th., Papandreou, N., Iconomidou, V. and Hamodrakas S.


[UP]

ΕΛΛΗΝΙΚΑ

1974

ΣΤ' Εβδομάδα Φυσικής Ε.Ε.Α.Ε. (Αθήνα):

1. Κρυσταλλική και μοριακή δομή του Ν-μορφολινο-4,5-διμεθοξύ-2-καρβοξυμεθυλο βενζοσουλφοναμιδίου.

Σ. Χαμόδρακας, Σ. Φιλιππάκης.

1977

Α' Πανελλήνιο Συνέδριο Φυσικής (Θεσ/νίκη).

1979

1η Επιστημονική Ημερίδα της Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστημών (E.E.Β.Ε) (Θεσ/νίκη):

2. Εντόπιση κρυσταλλικής χοριονικής ζώνης στα ωοθυλάκια Διπτέρου εντόμου.

Λ.Χ. Μαργαρίτης, Σ. Χαμόδρακας και Ρ. Νixon.

1980

2ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Πάτρα):

3. Μελέτες της κρυσταλλικής δομής της εσώτερης χοριονικής ζώνης των ωοθυλακίων της D.melanogaster με αρνητική χρώση, περίθλαση Laser και οπτική επανασύσταση.

Σ. Χαμόδρακας, Λ. Μαργαρίτης.

1981

3ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Αθήνα):

4. Μελέτες της δομής του χορίου των μεταξοσκωλήκων με περίθλαση ακτίνων-Χ.

Σ. Χαμόδρακας, Φ. Καφάτος, Γ. Ροδάκης.

5. Πρόβλεψη της δευτεροταγούς δομής των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων του μεταξοσκώληκα Antheraea polyphemus.

Σ. Χαμόδρακας, Φ. Καφάτος και C.W. Jones.

1982

4ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Θεσσαλονίκη):

6. Η χοριογένεση στο μεταξοσκώληκα Bombyx mori.

Παπανικολάου, Α., Χαμόδρακας, Σ. και Μαργαρίτης, Λ.

7. Φασματοσκοπικές μελέτες laser-Raman της στερεοδιάταξης των πρωτεϊνών του χορίου των μεταξοσκωλήκων.

Σ. Χαμόδρακας, S. Asher και Φ. Καφάτος.

1983

5ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Πάτρα):

8. Πρόγνωση της δευτεροταγούς δομής των πρωτεϊνών της οικογένειας C του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων. Χαμόδρακας, Σ. και Καφάτος, Φ.

1984

1ο Πανελλήνιο Συμπόσιο Εφαρμογών Η/Υ στην Ιατρική:

9. Χρήση συστημάτων γράφησης Η/Υ σε μελέτες βιομοριακών δομών και αλληλεπιδράσεων.

Σ. Χαμόδρακας

10. Ανάλυση κρυσταλλικών βιολογικών δομών με Η/Υ.

Παπασιδέρη, Ι., Μαργαρίτης, Λ.Χ., Χαμόδρακας, Σ.Ι και Leonard, K.

1984

6ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Αθήνα):

11. Μελέτες της δομής του κελύφους των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων, ενός προτύπου συστήματος οργάνωσης δομικών πρωτεϊνών.

Χαμόδρακας, Σ.Ι.

12. Τρόποι οργάνωσης των πρωτεϊνών του κελύφους των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων για τη δημιουργία της ελικοειδούς υπερδομής του.

Γκίκας, Κ., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

13. Οριζόντια και ακτινωτή πολυπλοκότητα στο χόριο του μεταξοσκώληκα Β.mori.

Παπανικολάου, Α., Μαργαρίτης, Λ., Χαμόδρακας, Σ.

1985

1ο Πανελλήνιο Εντομολογικό Συνέδριο:

14. Μορφολογικές μελέτες του κελύφους των αυγών του μεταξοσκώληκα.

Παπανικολάου, Α., Μαργαρίτης, Λ.Χ., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

1985

7ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε. (Ηράκλειο):

15. Δομή των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

Χαμόδρακας, Σ.

16. Δομή των βραχιόνων των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

Παπαδοπούλου, Π., Χαμόδρακας, Σ.

1986

8ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Ιωάννινα):

17. Φασματοσκοπικές μελέτες laser-Raman του κελύφους των αυγών της πέστροφας Salmo gairdneri.

Χαμόδρακας, Σ., Καμίτσος, Ε., Παπαδοπούλου, Π.

18. Ένα κοινό χαρακτηριστικό αρχιτεκτονικό γνώρισμα σε πρωτείνες της μήτρας βιολογικών ιστών ινιδίων-μήτρας.

Χαμόδρακας, Σ., Δουβλίδου, Α., Παπαϊωάννου, Α.

19. Μια παραλλαγή στο μοντέλο της δομής των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

Μανιατάκη, Ε., Χαμόδρακας, Σ.

20. Ένα πρόγραμμα γραφικής αναπαράστασης βιομορίων για μικροϋπολογιστές.

Αθανασιάδης, Α., Γαβαλάς, Κ., Χαμόδρακας, Σ.

1987

9ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Θεσ/νίκη):

21. Προκαταρκτικές μελέτες της μορφογένεσης του κελύφους των αυγών της πέστροφας Salmo gairdneri.

Παπαδοπούλου, Π., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

22. Πιθανές δομές a-R-D μαννοπυρανοζιτών που δεσμεύονται στην λεκτίνη concanavalin A

Αλεξανδράκη, Ε., Χαμόδρακας, Σ.Ι., Τρογκάνης, Α., Στασινοπούλου, Χ.

23. Πρόγνωση της δευτεροταγούς δομής των πρωτεϊνών του χορίου του λεπιδοπτέρου Β.mori.

Παπανικολάου, Α., Χαμόδρακας, Σ.

24. Μια προσπάθεια ανεύρεσης σε λυμένες πρωτεϊνικές δομές ενός νέου τύπου β-στροφών, κατάλληλων για τη δημιουργία ενός συγκεκριμένου δομικού μοντέλου των πρωτεϊνών του χορίου των μεταξοσκωλήκων.

Μανιατάκη, Ε., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

1988

10ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Πάτρα):

25. Δομικά και λειτουργικά γνωρίσματα των πρωτεϊνών S36 και S38 του χορίου της Δροσόφιλας, όπως προέκυψαν από την ανάλυση των αμινοξικών τους ακολουθιών.

Α. Μπατρίνου, Τ. Χριστοφοράτου και Σ. Χαμόδρακας.

26. Μελέτες της δημιουργίας του κελύφους των αυγών της πέστροφας Salmo gairdneri με ηλεκτρονική μικροσκοπία σάρωσης.

Π. Παπαδοπούλου., Β. Γαλανόπουλος και Σ. Χαμόδρακας.

27. Δομές ελάχιστης ενέργειας των χαρακτηριστικών τριπεπτιδίων που δημιουργούν τις υποεπαναλήψεις των πρωτεϊνών που κωδικοποιούνται από τους δακτυλίους Balbiani του Chironomus.

Α. Αναστασίου, Σ. Αυγερινός και Σ. Χαμόδρακας.

28. Ομαδοποίηση αμινοξικών καταλοίπων με βάση τη συμμετοχή τους σε δευτοροταγείς δομές.

Κ. Παλιακάσης και Σ. Χαμόδρακας.

29. Μια νέα μέθοδος για την ανίχνευση σε πρωτείνες στοιχείων δέσμευσης στο DNA, λ- Cro παρομοίων.

Ι. Παπανικολάου και Σ. Χαμόδρακας.

30. Πρότυπα δέσμευσης του 4'-νιτροφαινυλο-α-D-μαννοπυρανοζίτη στην λεκτίνη κονκαναβαλίνη-Α.

Σ. Χαμόδρακας και Ε. Αλεξανδράκη, Α. Τρογκάνης και Χ. Στασινοπούλου.

31. Ένα κοινό αρχιτεκτονικό γνώρισμα σε πρωτείνες που δημιουργούν δομές ινιδίων-μήτρας: Στατιστικός έλεγχος, λειτουργική και εξελικτική θεώρηση.

Σ.Ι. Χαμόδρακας, Γ.Κ. Ροδάκης και Μ. Παπαθανασίου.

1989

11ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Κομοτηνή):

32. Μοντέλα πρόσδεσης στην λεκτίνη concanavalin A δύο σακχάρων.

Αλεξανδράκη, Ε., Χαμόδρακας, Σ., Κοκκινίδης, Μ., Αθανασιάδης, Α.

1989

Έδωσα την κύρια ομιλία στη συνεδρία της Ελληνικής Βιοχημικής και Βιοφυσικής Εταιρίας (Ιωάννινα) με τίτλο :

33. Μοριακή αρχιτεκτονική ελικοειδών πρωτεϊνικών συστημάτων

1990

12ο Συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Μυτιλήνη):

34. Δομικά και λειτουργικά χαρακτηριστικά των πρωτεϊνών S36 και S38 του χορίου των ωοθυλακίων του διπτέρου Ceratitis capitata.

Αγγελή, Α., Κονσολάκη, Μ., Κομητοπούλου, Κ., Χαμόδρακας, Σ.

35. Δομικά χαρακτηριστικά του υδροφοβικού κέντρου δέσμευσης των λεκτινών και υποκαταστατών του.

Αγιανιάν, Π., Σκαρίμπα, Α., Χαμόδρακας, Σ.

36. Ένα πρόγραμμα για πολλαπλή στοίχιση ακολουθιών βιομακρομορίων σε μικροϋπολογιστές. Γλυκός, Ν., Χαμόδρακας, Σ.

37. Δομικά και λειτουργικά χαρακτηριστικά των πρωτεϊνών S15, S16, S18, S19 του χορίου των ωοθυλακίων της Δροσόφιλας από την ανάλυση των αμινοξικών τους ακολουθιών.

Ντούρας, Κ., Χαμόδρακας, Σ.

38. Ένα πρόγραμμα για την αναπαράσταση ταινιοειδών μοντέλων πρωτεϊνών σε μικροϋπολογιστές.

Περράκης, Α., Χαμόδρακας, Σ.

39. Ινιδιακή οργάνωση του κελύφους των αυγών της πέστροφας Salmo gairdneri και ηλεκτροφορητικό πρότυπο των συνιστωσών του πρωτεινών. Παπαδοπούλου, Π., Χαμόδρακας, Σ. , Γαλανόπουλος, Β.

40. Μελέτες της οργάνωσης των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

Ορφανίδου, Κ., Χαμόδρακας, Σ.

41. Μελέτη της χοριογένεσης του λεπιδόπτερου Manduca sexta με ηλεκτρονική μικροσκοπία σάρωσης.

Ορφανίδου, Κ., Γαλανόπουλος, Β., Χαμόδρακας, Σ.

1990

5ο Πανελλήνιο Φαρμακευτικό Συνέδριο (Αθήνα):

42. Αδαμαντανικά παράγωγα συμμετρικών τριαζινών.

Τσίτσα, Π., Αντωνιάδου-Βυζά, Α., Χυτήρογλου-Λαδά, Α., Ηλιόπουλος, Η., Χαμόδρακας, Σ.

1991

13ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Ηράκλειο):

43. Αλληλεπιδράσεις πλευρικών αλυσίδων σε πρωτείνες με δομή β-πτυχωτών επιφανειών.

Κανελλόπουλος, Π., Χαμόδρακας, Σ.

44. Δομή και ιδιότητες δέσμευσης μιας σειράς λιπόφιλων s-τριαζινών, αναστολέων της διυδροφολικής αναγωγάσης (DHFR).

Καλογεράκη, Β., Περράκης, Α., Κακουλίδου, Α., Βυζά, Α., Χαμόδρακας, Σ.

45. PBM: Ένα πακέτο προγραμμάτων για τη σχεδίαση και διαχείριση πρωτεϊνικών δομών σε μικροϋπολογιστές.

Περράκης, Α., Αθανασιάδης, Α., Χαμόδρακας, Σ.

46. Μελέτες της ελικοειδούς αρχιτεκτονικής του χορίου των ωοθυλακίων των λεπιδοπτέρων Manduca sexta και Sesamia nonagrioides με ηλεκτρονική μικροσκοπία σάρωσης και ψυκτοεξάχνωση.

Ορφανίδου, Κ.Χ., Χαμόδρακας, Σ.Ι., Μαργαρίτης, Λ.Χ., Γαλανόπουλος, Β., Dedieu, J.C., Gullik, T.

1992

14ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Λευκωσία, Κύπρος):

47. C.D spectroscopic studies of synthetic peptide-analogues of silkmoth chorion protein segments.

Benaki, D., Koutsaftiki, C., Orfanidou, C., Hamodrakas, S.J.

48. Comparative studies of the binding sites of procaryotic and eucaryotic dihydrofolate reductases and binding properties of a series of s-triazines.

Constantinidis, C., Hamodrakas, S.J.

49. Secondary structure studies of thymosin α1 and thymosin β11

Kallona, A.F., Haritos, A.A., Hamodrakas, S.J.

50. Modelling of the plastoquinone-9 (QB) binding site in the photosystem II (PSII) of plants

Kefalopoulou, E., Hamodrakas, S.J.

51. Preliminary studies of silkmoth chorion protein self-assembly in vitro.

Orfanidou, C., Gogou, A., Hamodrakas, S.J.

52. Crystal structure, computer modelling and energy calculations of a number of s-triazines, possible DHFR inhibitors.

Perrakis, A., Kalogeraki, V., Tsitsa, P., Vyza, E., Hamodrakas, S.J.

1992

6ο Πανελλήνιο Φαρμακευτικό Συνέδριο (Αθήνα):

53. Λιπόφιλες συμμετρικές τριαζίνες αναστολείς της διυδροφολικής αναγωγάσης.

Ιωαννίδου, Ι., Αντωνιάδου-Βυζά Α., Τσιτσά, Π., Ρουσσάκης, Χ. Περράκης, Α., Τσαντίλη-Κακουλίδου, Α., Χαμόδρακας, Σ.

1993

15ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Φλώρινα):

54. Δομικές μελέτες των πρωτεϊνών του χορίου των λεπιδοπτέρων Manduca sexta και Sesamia nonagrioides.

Ορφανίδου, Κ.Χ., Χρυσικός, Γ., Καμίτσος, Ε., Μπενάκη, Δ.Κ., Χαμόδρακας, Σ.

1994

16ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Βόλος):

55. Δομικές μελέτες του χορίου των ωοθυλακίων του λεπιδοπτέρου Sesamia nonagrioides.

Ορφανίδου, Κ., Γαλανόπουλος, Β., Χρυσικός, Γ., Καμίτσος, Ε., Χαμόδρακας, Σ.

56. Επαναλαμβανόμενα πεπτίδια στις πρωτείνες C1 και C4 του χορίου των ωοθυλακίων του εντόμου Ceratitis capitata

1995

17ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Πάτρα):

57. Κρυσταλλογραφικές δομές συμπλόκων της Concanavalin A με τα σάκχαρα α PNM και α-PNG και η τρικλινής κρυσταλλική μορφή της φυσικής πρωτείνης. Κανελλόπουλος, Π.Ν., Παύλου, Κ., Μαυρομμάτης, Κ., Σούφη, Μ., Περράκης, Α., Αγιανιάν, Π., Βοργιάς, Κ., Tucker, P.A., Χαμόδρακας, Σ.

58. Προκαταρκτικές μελέτες της δευτεροταγούς δομής των πρωτεϊνών του χορίου των ιχθύων Sparus aurata και Dicentrarchus labrax με φασματοσκοπία laser-Raman και μικροσκοπία FT-IR.

Σμυρναίου, Ζ., Φεργαδιώτου, Ι., Χρυσικός, Γ., Καμίτσος, Ε., Χαμόδρακας, Σ.

59. Μοντέλα πρόσδεσης μαννοπυρανοζιτών και γλυκοπυρανοζιτών στην λεκτίνη Concanavalin A (α-ΜUM, α-ΜUG, α-PNG) και σύγκριση με τα κρυσταλλογραφικά δεδομένα από το α-PNG.

Μαυρομμάτης, Κ., Σούφη, Μ., Χαμόδρακας, Σ.

60. Δομικές μελέτες σε στερεά και υγρή κατάσταση συνθετικών πεπτιδίων-αναλόγων τμημάτων των πρωτεϊνών του χορίου των μεταξοσκωλήκων με φασματοσκοπία laser-Raman και FT-IR.

Μπενάκη, Δ., Χρυσικός, Γ., Καμίτσος, Ε., Χαμόδρακας, Σ.

1996

18ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Καλαμάτα):

61. Η κρυσταλλική δομή του συμπλόκου της λεκτίνης Concanavalin A με τον 4?-μεθυλουμπελλιφερυλο-α-D-γλυκοπυρανοζίτη.

Χαμόδρακας, Σ., Κανελλόπουλος, Π., Παύλου, Κ., Tucker, P.

62. Στερεοδιαταξικές μελέτες πεπτιδίων-αναλόγων αντιπροσωπευτικών περιοχών πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων με φασματοσκοπία NMR και C.D.

Μπενάκη, Δ., Pastore, A., Μικρός, Ε., Χαμόδρακας, Σ.

1997

19ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Θεσ/νίκη):

63. Ελαχιστοποιήσεις ενέργειας και υπολογισμοί κατανομής φορτίου με Η/Υ σε γλυκο- και μαννο-πυρανοζίτες που δεσμεύονται στην λεκτίνη Concanavalin A: Σύγκριση με κρυσταλλογραφικά δεδομένα.

Μπάγκος, Π., Παπανδρέου, Ν., Χαμόδρακας, Σ.

64. Στερεοδιαταξικές μελέτες πεπτιδίων-αναλόγων αντιπροσωπευτικών περιοχών πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων με φασματοσκοπία υπερερύθρου και laser-Raman.

Μπενάκη, Δ., Αγγελή, Α., Boden, N., Χαμόδρακας, Σ.

65. Δομές των συμπλόκων της λεκτίνης Concanavalin A με 4'-μεθυλουμπελλυφερυλο-α-D-μαννοπυρανοζίτη και 2,2,6,6-τετραμεθυλοπιπεριδινο-1-οξυλο-4-υλο-α-D-γλυκοπυρανοζίτη.

Χαμόδρακας, Σ., Παύλου, Κ., Κανελλόπουλος, Π.Ν., Tucker, P.A.

66. Μελέτες με computer modelling της πρόσδεσης στην DHFR μιας σειράς τριαζινών: Η κρυσταλλική δομή ενός μέλους της σειράς.

Παπαθεοδώρου, Α., Προμπονάς, Β., Τσίτσα, Π., Αντωνιάδου-Βυζά, Α., Χαμόδρακας, Σ.

67. FT: Ένα πρόγραμμα για την εύρεση περιοδικοτήτων σε αλληλουχίες.

Βαρβαγιάννης, Ν.Ι., Χαμόδρακας, Σ.

1998

20ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Σάμος):

68. Στερεοδιαταξικές μελέτες πεπτιδικών-αναλόγων πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

Μπενάκη, Δ., Μικρός, Ε. και Χαμόδρακας, Σ.

69. Προκαταρκτικές συγκριτικές μελέτες βιοχημικής σύστασης και μορφολογίας του χορίου των ώριμων ωοθυλακίων και γεννημένων αυγών του ιχθύος Dicentrarchus labrax.

Oικονομίδου, Β., Γαλανόπουλος, Β. και Χαμόδρακας, Σ.

70. FT: Μια διασύνδεση στον παγκόσμιο ιστό για τη μελέτη περιοδικοτήτων σε ακολουθίες πρωτεϊνών ή DNA.

Pasquier, C.M., Προμπονάς, Β.Ι., Βαρβαγιάννης, Ν.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

71. Η κρυσταλλική δομή του συμπλόκου της λεκτίνης κονκαναβαλίνης Α με το σάκχαρο 4-μεθυλουμπελλιφεριλο-α-D-μαννοπυρανόζη (α-MUM).

Παύλου, Κ.Σ., Κανελλόπουλος, Π.Ν., Tucker, P.A. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

72. CoPreTHi: Ένα πρόγραμμα για το συνδυασμό των αποτελεσμάτων μεθόδων πρόβλεψης διαμεμβρανικών τμημάτων πρωτεϊνών ελεύθερα διαθέσιμο στο διαδίκτυο.

Προμπονάς, Β.Ι., Παλαιός, Γ.Α., Pasquier, C.M., Χαμόδρακας, Ι.Σ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

73. Μια νέα προσέγγιση στην μέθοδο απομόνωσης του ενζύμου διυδροφολική (DHFR) αναγωγάση από ήπαρ μόσχου.

Xαρκιολάκη, Μ., Παπανδρέου, Ν., Βυζά, Αικ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

1999

21ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Σύρος):

74. OrienTM: Μια υπολογιστική μέθοδος πρόγνωσης και τοπολογίας διαμεμβρανικών πρωτεϊνών.

Λιακόπουλος, Θ.Δ., Pasquier, C.M. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

75. Είναι η β-πτυχωτή επιφάνεια η μοριακή στερεοδιάταξη που υπαγορεύει το σχηματισμό του ελικοειδούς δερματίου;

Oικονομίδου, Β., Willis, J.H. και Χαμόδρακας, Σ.

76. Μελέτες της δευτεροταγούς δομής των πρωτεϊνών του χορίου του ιχθύος Dentex dentex με φασματοσκοπία ATR-IR και FT-Raman.

Oικονομίδου, Β., Χρυσικός, Γ., Γκιώνης, Β., Γιακουμέλου, Α., Γαλανόπουλος, Β. και Χαμόδρακας, Σ.

77. PRED-TMR2: Ένα ιεραρχικό νευρωνικό δίκτυο για την ταξινόμηση διαμεμβρανικών πρωτεϊνών και μια νέα μέθοδος για την πρόγνωση διαμεμβρανικών τμημάτων.

Pasquier, C.M., Προμπονάς, Β.Ι., Παλαιός, Γ.Α., Χαμόδρακας, Ι.Σ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

78. WINPBM: Ένα πακέτο βιομοριακής απεικόνισης και υπολογισμών ενέργειας για προσωπικούς μικροϋπολογιστές.

Παλαιός, Γ.Α., Προμπονάς, Β.Ι., Χαμόδρακας, Ι.Σ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

79. Δομικές μελέτες αναστολέων της ομάδας της τριαζίνης του ενζύμου διυδροφολική αναγωγάση (DHFR) και ιδιότητες του ενζύμου από ήπαρ μόσχου. Παπανδρέου, Ν.Χ., Παπανικολάου, Ι., Πετράτος, Κ., Βυζά, Αικ., Περράκης, Α. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

80. CAST: Υπολογιστική μέθοδος ανάλυσης πολυπλοκότητας πρωτεϊνικών ακολουθιών.

Προμπονάς, Β.Ι., Τσόκα, Σ., Ουζούνης, Χ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

2000

22ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Σύρος):

81. Βάση δεδομένων πρωτεϊνών που προσδένονται στο DNA: μια προσέγγιση στην κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών οικογενειών.

Καρμιράντζου, Μ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

82. Ένα περιβάλλον εργασίας για την υπολογιστική ανάλυση αλληλουχίας και δομής πρωτεϊνών στο ΙNTERNET.

Λιακόπουλος, Θ., Παλαιός, Γ.Α., Προμπονάς, Β.Ι., Χαμόδρακας, Ι.Σ., Pasquier, C.M. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

83. Βιοχημικές και δομικές μελέτες πρωτεϊνών διαφορετικών αναπτυξιακών σταδίων του χορίου του τελεόστεου ιχθύος Dentex dentex (Συναγρίδα)

84. Πεπτίδιο ανάλογο της κεντρικής περιοχής των πρωτεϊνών του χορίου των μεταξοσκωλήκων δημιουργεί αμυλοειδή ινίδια σε διαλύματα μεθανόλης/ Η2Ο.

Oικονομίδου, Β.Α. και Χαμόδρακας, Σ.

2001

23ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Xίος):

85. ΔΑΜ-ΒΙΟ: Δικτυακός χώρος εργασίας Βιοπληροφορικής για την ανάλυση πρωτεϊνών. Νέες συνιστώσες και εφαρμογές σε βιολογικά προβλήματα.

Θ. Λιακόπουλος, Ν. Χαρκιολάκης, Β. Προμπονάς, C. Pasquier, Ι. Χαμόδρακας, Ν. Χ. Παπανδρέου, Β. Οικονομίδου, Ν. Παπανδρέου, Ε. Τζαφέστα, Σ. Τζαφέστας, Η. Ηλιόπουλος και Σ. Ι. Χαμόδρακας

86. Μελέτες "μεταλλαγμένων" πεπτιδίων-αναλόγων τμημάτων της κεντρικής περιοχής των πρωτεϊνών της Β-οικογένειας του χορίου των Ωοθυλακίων των Μεταξοσκωλήκων: Επαγωγή/Αναστολή Δημιουργίας Αμυλοειδών ινιδίων.

Οικονομίδου, B.Α., Χρυσικός Γ., Τρογκάνης Α., Παϊπέτης Α., Προμπονάς, Β., Παύλου, Κ., Οικονομίδης, Φ., Μπράβου, Σ., Κομπορόζος, Κ. & Χαμόδρακας Σ.Ι.

87. Η Κρυσταλλική δομή του συμπλόκου της ανθρώπινης διυδροφολικής αναγωγάσης (HDHFR) με το φυσικό υπόστρωμα της και το συνένζυμο.

Παπανδρέου, Ν.Χ., Tucker, P.A. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

88. PRED-CLASS: Λογισμικό βιοπληροφορικής για την κατηγοριοποίηση πρωτεϊνικών ακολουθιών: εφαρμογές σε πλήρη γονιδιώματα.

Προμπονάς, Β.Ι., Pasquier, C. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

2002

24ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Ερέτρια):

89. A Markov chain model capable of discriminating bacterial outer membrane proteins from globular, water-soluble proteins.

Bagos, P.G., Liakopoulos, Th.D., and Hamodrakas, S.J.

90. Προκαταρκτικές δομικές μελέτες του ωοθέτη του εντόμου Bactrocera oleae (Dacus oleae).

Οικονομίδου, Β.Α., Κυριλλή, Μ.Δ., Μπόκαρη, Α.Α., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

2003

25ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Μυτιλήνη):

91. Η φασματοσκοπία FT-Raman ως διαγνωστικό εργαλείο δέσμευσης της χρωστικής Congo red σε αμυλοειδή.

Οικονομίδου, Β.Α., Χρυσικός Γ.Δ., Γκιώνης, Β. και Χαμόδρακας, Σ.Ι

92. Πρόγνωση και κατάταξη πρωτεϊνών από την ακολουθία τους και μόνο σε καλά χαρακτηρισμένες οικογένειες GPCRs, με τη χρήση "αποτυπωμάτων"' προερχόμενων από profile Hidden Markov Models.

Παπασάικας, Π.Κ., Μπάγκος, Π., Λίτου, Ζ.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

93. Υπολογιστικές τεχνικές Μηχανικής Μάθησης για την πρόγνωση της τάξης πρωτεϊνικού διπλώματος από την αμινοξική ακολουθία.

Προμπονάς, Β.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

94. Λογισμικό διαθέσιμο στο internet για τον προσδιορισμό διαμεμβρανικών τμημάτων σε αλληλουχίες πρωτεϊνών βασισμένο σε ανάλυση αφαίρεσης θορύβου από προφίλ υδροφοβικότητας, με τη χρήση wavelets.

Πάσχου, Ε.Ε., Λίτου, Ζ.Ι., Λιακόπουλος, Θ.Δ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

95. Ένα υπολογιστικό εργαλείο στον παγκόσμιο ιστό, για την επιλογή βιολογικών ακολουθιών από ένα δεδομένο σύνολο, με ομοιότητα/ομολογία κάτω από ένα επίπεδο καθοριζόμενο από τον χρήστη.

Λιακόπουλος, Θ. Δ., Μπάγκος, Π. Γ., Αλεξόπουλος, Ι. Κ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

96. GeneRATOR: Λογισμικό για τη συστηματική ανάλυση και οπτικοποίηση χαρακτηριστικών των ακολουθιών πλήρως προσδιορισμένων γονιδιωμάτων-πρωτεωμάτων.

Βερνίκος, Γ., Γκόγκας, Χ. Γ., Προμπονάς, Β. Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

97. Ανάπτυξη βάσης δεδομένων από μεμβρανικές πρωτεΐνες γνωστής τρισδιάστατης δομής, για τη μελέτη και το συσχετισμό πληροφοριών ακολουθίας, δευτεροταγούς δομής και τοπολογίας διαμεμβρανικών τμημάτων.

Τζαβάρας, Ν., Λιακόπουλος, Θ. Δ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

98. TMRPres2D: Ένα υπολογιστικό εργαλείο δισδιάστατης απεικόνισης διαμεμβρανικών πρωτεϊνών.

Σπυρόπουλος, Ι. Χ., Λιακόπουλος, Θ. Δ., Μπάγκος, Π. Γ. και Χαμόδρακας, Σ. Ι.

99. Στερεοδιαταξικοί "διακόπτες" σε πρωτεΐνες υπεύθυνες για αμυλοειδώσεις.

Κουρμπέτη, Μ.Α., Οικονομίδου, Β.Α. και Χαμόδρακας, Σ. Ι.

100. Ανάλυση αλληλεπιδράσεων δομικών αυτοτελών στοιχείων (domains) στις λυμένες κρυσταλλογραφικά πρωτεΐνες της E. coli.

Αλεξόπουλος, Ι.Κ., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ. Ι.

101. Πρωτεϊνικοί υποδοχείς νευροδιαβιβαστών και ασθένειες

Χριστοφορίδης, Χ.Σ., Λίτου, Ζ.Ι., Παπανδρέου, Ν.Χ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

102. Η Κρυσταλλική Δομή του Συμπλόκου της Λεκτίνης Κονκαναβαλίνης Α με το Σάκχαρο 2,2,6,6-Τετραμέθυλοπιπεριδίνη-1-Οξυλ-4-α-Γλυκοπυρανοζίτη.

Παύλου, Σ.Κ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

2004

26ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Βόλος):

103. Μια βάση δεδομένων G-πρωτεϊνών και των αλληλεπιδρασεών τους με τους GPCRs.

Ελευσινιώτη, Α.Λ., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

104. Αποτίμηση και Βελτίωση Στρατηγικών IN SILICO? σχολιασκού σε πλήρη γονιδιώματα: Επανεξέταση του γονιδιώματος του Chlamydia trachomatis.

Γκόγκας, Χ.Γ., Τζαβάρας, Ν., Προμπονάς, Β.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

105. Δημιουργία αμυλοειδών ινιδίων από πεπτίδια ανάλογα των πρωτεϊνών του χορίου των μεταξοσκωλήκων μέσω μιας ενδιάμεσης υδροκρυσταλλικής φάσης. Οικονομίδου, Β.Α και Χαμόδρακας Σ.Ι

106. Μελέτη δομικών αλληλεπιδράσεων διμερών ιστονών στο νουκλεόσωμα αρχαιοβακτηρίων μέσω συγκριτικής προτυποποίησης.

Καπασά, Μ.Γ., Αλεξόπουλος I.K., Παπανδρέου, Ν.Χ., Μουδριανάκης Ε.Ν. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

107. Συγκριτική υπολογιστική ανάλυση των α-ελικοειδών διαμεμβρανικών πρωτεϊνών, δύο παθογόνων βακτηρίων του γένους Chlamydia.

Λιμήτσιου, Ο.Κ., Προμπονάς, Β.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

108. Χρήση Profile HMMs για την πρόγνωση και το διαχωρισμό μεμβρανικών πρωτεϊνών τύπου Ι και τύπου ΙΙ.

Λίτου, Ζ.Ι., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

109. Οι πρωτεΐνες του δερματίου των αρθροπόδων: Μια σχεσιακή βάση δεδομένων τους.

Μαγκριώτη, Χ.Κ., Σπυρόπουλος, Ι.Χ., Οικονομίδου, Β.Α. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

110. Η κρυσταλλική δομή συμπλόκου της ανθρώπινης διυδροφολικής αναγωγασης (ΗDHFR) με διυδροφολικό επιβεβαιώνει μελέτες ενζυμικής κινητικής. Παπανδρέου, Ν.Χ., Tucker P.A. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

111. Πρόγνωση πρωτεϊνών που κατευθύνονται σε μιτοχόνδρια και χλωροπλάστες από την ακολουθία τους και μόνο.

Πετσαλάκη, Ε.Ι., Μπάγκος, Π.Γ., Λίτου, Ζ.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

112. Υπολογιστική βιολογικής έμπνευσης: αρχές, μέθοδοι και εφαρμογές στη Βιοπληροφορική.

Προμπονάς, Β.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

113. Υπολογιστική μεθοδολογία στοίχισης ακολουθιών α-ελικοειδών διαμεμβρανικών πρωτεϊνών ανά ζεύγη.

Ζωγράφος, Λ.Α., Προμπονάς, Β.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

2005

27ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Ναύπλιο):

114. Μια βάση δεδομένων για τις πρωτεΐνες της εξωτερικής μεμβράνης των αρνητικών κατά gram βακτηρίων.

Τσιρίγος Κ., Μπάγκος Π.Γ., Χαμόδρακας Σ.Ι.

115. Συστηματική μελέτη της συμπεριφοράς μεθόδων προοδευτικής πολλαπλής στοίχισης αλληλουχιών βιολογικών μακρομορίων με βάση πρότυπες στοιχίσεις και φυλογενετικά κριτήρια.

Προμπονάς Β.Ι., Ροδάκης Γ., Χαμόδρακας Σ.Ι.

116. Δομικές μελέτες "μεταλλαγμένων" πεπτιδίων-αναλόγων τμήματος της κεντρικής περιοχής των πρωτεϊνών της Α-οικογένειας του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων: επαγωγή/αναστολή δημιουργίας αμυλοειδών ινιδίων.

Οικονομίδου, Β.Α. και Χαμόδρακας Σ.Ι.

2005

2005 57ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.M.B (Αθήνα):

117. Molecular dynamics simulation studies of amyloid-fibril formation by peptide analogues of silkmoth chorion proteins.

Spyrou, G., Archontis, G., Iconomidou, V., Hamodrakas, S.

2005

2005 5o Ελληνικό Forum Βιοδραστικών Πεπτιδίων (Πάτρα):

118. Design and synthesis of suitable mutant peptide-analogues of silkmoth chorion proteins of the A-family: control of amyloid formation.

Iconomidou, V., Galanis, A., Cordopatis, P., and Hamodrakas, S.

2006

2006 58ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.M.B (Πάτρα):

119. Μελέτες συγκριτικής Προτυποποίησης της Διυδροφολικής Αναγωγάσης Αλόφιλων Αρχαίων (DHFR) καθως και συμπλόκων τους με το ένζυμο.

Καστρίτης, Π.Λ., Παπανδρέου, Ν.X., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

120. Δομικές μελέτες της θήκης των αυγών του καρχαρία G. melastomus με φασματοσκοπία ATR FT-IR και FT-Raman.

Οικονομίδου, Β.Α., Γεωργακά, Μ., Χρυσικός Γ.Δ., Γκιώνης, Β., Μεγαλοφώνου, Π., και Χαμόδρακας Σ.Ι.

2007

28ο συνέδριο της Ε.Ε.Β.Ε (Ιωάννινα):

121. Στερεοδιαταξικοί "διακόπτες": η πληροφορία που σηματοδοτεί το λάθος δίπλωμα πρωτεϊνών που σχετίζονται με αμυλοειδώσεις.

Λιάππα, Χ.Θ., Οικονομίδου, Β.Α., Χαμόδρακας Σ.Ι.

122. Συμβολή των πειραματικών τεχνικών στην πρόγνωση της τοπολογίας διαμεμβρανικών πρωτεϊνών.

Τσαούσης, Γ.Ν., Μπάγκος, Π.Γ., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

123. Μελέτες αλληλεπιδράσεων μεταξύ G-πρωτεϊνών και μορίων-τελεστών.

Θεοδωροπούλου, Μ.Κ., Ελευσινιώτη, Α.Λ., Μπάγκος, Π.Γ., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

124. Προκαταρκτικές δομικές μελέτες της ωοθήκης του καρχαρία Galeus melastomus με φασματοσκοπία ATR FT-IR και FT-Raman

Οικονομίδου, Β.Α., Γεωργακά, Μ.Β., Χρυσικός Γ., Γκιώνης, Β., Μεγαλοφώνου, Π., Χαμόδρακας Σ.Ι.

125. Δομικές μελέτες μιας νέας οικογένειας πρωτεϊνών του δερματίου των εντόμων.

Μανούσου, Α., Οικονομίδου, Β., Willis, J.H., Χαμόδρακας Σ.Ι.

126. Δομικές και Θεωρητικές Μελέτες πρότυπων αναστολέων του ενζύμου Διυδροφολική Αναγωγάση (DHFR) καθώς και συμπλόκων τους με το ένζυμο.

Καστρίτης, Π.Λ., Παπανδρέου, Ν.X., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

127. Ανάλυση δομικών και λειτουργικών αυτοτελών περιοχών σε διαμεμβρανικές πρωτεΐνες με ένα διαμεμβρανικό τμήμα .

Φρούσιος, Κ.Κ., Λίτου, Ζ.I., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

128. Σύγκριση μεμβρανικών πρωτεϊνών στα γονιδιώματα των θετικών και αρνητικών κατά Gram βακτηρίων.

Παπανικολοπούλου, Β.Π., Τσιρίγος, Κ.Δ., Μπάγκος, Π.Γ., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

129. Μέθοδος πρόβλεψης των οικογενειών και των ομάδων αλληλεπίδρασης των G πρωτεϊνών.

Ελευσινιώτη, Α.Λ., Μπάγκος, Π.Γ., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

130. Συσχέτιση των πολυμορφισμών του CTLA?4 με την σκλήρυνση κατά πλάκας.

Καρναούρη, Α.Χ., Μπάγκος, Π.Γ., Νικολόπουλος, Γ.K., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

131. Βελτίωση της πρόβλεψης δομής με εκ των υστέρων ενσωμάτωση πληροφορίας από πολλαπλές στοιχίσεις ακολουθιών.

Τσιρίγος, Κ.Δ., Προμπονάς, Β.Ι.,Μπάγκος, Π.Γ., Ροδάκης, Γ.Κ., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

132. Αναγνώριση συνδετικών τμημάτων σε πρωτεΐνες με δύο δομικά αυτοτελή στοιχεία με τη φασματική μέθοδο.

Σκορίλα, Ε.Δ., Μπάγκος, Π.Γ., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

133. Πρόγνωση δομής και λειτουργίας μεμβρανικών πρωτεϊνών . Σ.Ι. Χαμόδρακας

2007

3ο Συνέδριο της Ελληνικής Κρυσταλλογραφικής Εταιρείας, (Παν/μιο Πάτρας):

134. Genome-wide prediction of Cell Wall sorting signals in Gram-positive bacteria with a Hidden Markov Model.

Z. I. Litou, P. G. Bagos, K. D. Tsirigos, Th. D. Liakopoulos and S. J. Hamodrakas

135. Structural and Theoretical studies of 4,6-diaminospirotriazines as potential inhibitors of human dihydrfolate reductase.

N. C. Papandreou, P. L. Kastritis, and S. J. Hamodrakas

2007

Hellenic Bioinformatics & Medical Informatics Meeting (HBF 2007) (Αθήνα):

136. Upgrading gpDB:Effectors families and their interaction with G proteins.

Theodoropoulou, M.C., Elefsinioti, A.L., Bagos, P.G.,Spyropoulos I.C. and Hamodrakas, S.J.

137. Correlation of the performance of protein structure prediction algorithms with the size of the training set.

Tsaousis, G.N., Bagos, P.G. and Hamodrakas, S.J.

2007

1η Διημερίδα της Ελληνικής Εταιρείας Βιοϋλικών (Αθήνα):

138. Βιοπολυμερή με ιδιότητες αμυλοειδών απο πεπτίδια-ανάλογα των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

Οικονομίδου, B. και Χαμόδρακας, Σ.

2007

29ο Πανελλήνιο Συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστημών (Καβάλα):

139. Το πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στη «Βιοπληροφορική» του Πανεπιστημίου Αθηνών: Ένα Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης επιχορηγούμενο από το Υπουργείο Παιδείας (ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ).

Λίτου, Ζ., Μπάγκος, Π., Οικονομίδου, Β., Παπανδρέου, Ν. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

140. Προσαρμογή Πρωτεϊνών αλόφιλων αρχαίων: Ενδείξεις από μελέτες συγκριτικής προτυποποίησης της Διυδροφολικής Αναγωγάσης.

Καστρίτης, Π.Λ., Παπανδρέου, Ν.X. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

141. Συσχέτιση των πολυμορφισμών του CTLA?4 με την νόσο του Graves.

Καρναούρη, Α.Χ., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

142. Θεωρητικές μελέτες αλληλεπιδράσεων των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων.

Καραμάνος, Θ., Παπανδρέου, Ν.X., Οικονομίδου, Β.Α. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

143. Συσχέτιση της απόδοσης των αλγορίθμων πρόγνωσης δομής πρωτεϊνών με το μέγεθος του συνόλου εκπαίδευσης.

Τσαούσης, Γ.Ν., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

144. Αναβάθμιση και επέκταση της βάσης δεδομένων gpDB.

Θεοδωροπούλου, Μ.Κ., Ελευσινιώτη, Α.Λ., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

2008

3ο Συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Υπολογιστικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής (ΕΛΚΕΤΑ, Θεσσαλονίκη):

145. Αmylpred: a web tool for a consensus prediction of amyloidogenic determinants in protein sequences.

Frousios, K., Iconomidou, V. and Hamodrakas, S.

2008

4ο Συνέδριο της Ελληνικής Κρυσταλλογραφικής Εταιρείας, (Ε.Ι.Ε., Αθήνα):

146. Amyloidogenic determinants do not hide.

Frousios, Κ.Κ., Iconomidou, V.A., Karletidi, C-M. and Hamodrakas, S.J.

2008

30ο Πανελλήνιο Συνέδριο της Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστημών (Θεσσαλονίκη):

147. Δομικά μοντέλα των πρωτεϊνών του χόριου των ωοθυλάκιων των μεταξοσκωλήκων και πεπτιδίων τους .

Καραμάνος, Θ.K., Παπανδρέου, Ν.X., Οικονομίδου, Β.Α., Χαμόδρακας, Σ.Ι.

148. Δομικές μελέτες των πρωτεϊνων της zona pellucida τελεόστεων ιχθύων.

Πετρονικολού, Ν., Οικονομίδου, Β.Α. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

149. Πρόγνωση κaι ιδιότητες αμυλοειδoγενών καθοριστών σε πρωτεϊνες που δημιουργούν αμυλοειδή ινίδια .

Καρλετίδη Κ.Σ., Παπανδρέου Ν.Χ., Οικονομίδου, Β.Α. και Χαμόδρακας Σ.Ι.

150. Η επίδραση της ενσωμάτωσης πειραματικής πληροφορίας στην πρόγνωση τοπολογίας διαμεμβρανικών πρωτεϊνών.

Τσαούσης, Γ.Ν., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

151. Υπολογιστικές μελέτες αλληλεπιδράσεων α-ελίκων διαμεμβρανικών πρωτεϊνών.

Πανούσης,Ν.Ι. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

152. Συγκριτική και στατιστική μελέτη των γονιδίων που κωδικοποιούν διαμεμβρανικά β-βαρέλια σε αρνητικά κατά Gram βακτήρια.

Λιμήτσιου, Ο.Κ. , Τσιρίγος, Κ.Δ. , Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

153. Δομικό μοντέλο της πρωτεΐνης RPE65 με συγκριτική προτυποποίηση και "ύφανση".

Καστρίτης Π.Λ., Παπανδρέου Ν.Χ., Χαμόδρακας Σ.Ι.

154. Πολυμορφισμοί του γονιδίου του υποδοχέα 1 της μελανοκορτίνης1 και συσχέτιση τους με την εμφάνιση καρκίνου του δέρματος..

Καρναούρη, Α.Χ., Παπανδρέου, Ν. Χ., Χαμόδρακας, Σ.Ι. και Μπάγκος, Π.Γ.

155. Χρήση Profile HMMs για την πρόγνωση και το διαχωρισμό οικογενειών της υπεροικογένειας Cys-loop των LGICs.

Κακούρα, Π.E., Λίτου, Ζ.Ι., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι.

156. Κατασκευή ενός HΜΜ μοντέλου για την πρόγνωση πρωτεϊνών κυτταρικού τοιχώματος (CWPs) θετικών κατά Gram βακτηρίων .

Φιμερέλη Δ.Κ., Λίτου, Ζ.Ι., Μπάγκος, Π.Γ. και Χαμόδρακας, Σ.Ι

157. Πολυμορφισμοί των γονιδίων των κυτταροκινών και συσχέτισή τους με την εμφάνιση περιοδοντικής νόσου.

Δήμου, Ν.Λ., Νικολόπουλος, Γ.Κ., Χαμόδρακας, Σ.Ι. και Μπάγκος, Π.Γ.

2008

6o Ελληνικό Forum Βιοδραστικών Πεπτιδίων (Πάτρα):

158. Α hexapeptide-analogue, fraction of the central domain of silkmoth chorion proteins, folds and assembles into amyloid-like fibrils.

Iconomidou, V., Pappa, E., Cordopatis, P. and Hamodrakas, S.


[UP]

4. ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΑ ΕΝΔΙΑΦΕΡΟΝΤΑ

Οι ερευνητικοί στόχοι και τα βασικά Βιοφυσικά προβλήματα με τα οποία ασχολούμαι συνοψίζονται στα εξής:

  1. πώς οι πρωτείνες "διπλώνονται" δημιουργώντας τρισδιάστατες λειτουργικές δομές,

  2. πώς συγκροτούνται και αλληλεπιδρούν, ώστε να επιτελέσουν σημαντικές βιολογικές λειτουργίες, και

  3. πώς η αλληλεπίδραση τους με βιομικρομόρια οδηγεί σε συγκεκριμένες αποκρίσεις.

    Οι δημοσιεύσεις μου σχετίζονται με αυτά τα βιοφυσικά προβλήματα. Ένας άλλος τομέας επίσης με τον οποίο ασχολούμαι είναι ο τομέας της Bιοϋπολογιστικής/Bιοπληροφορικής. Πιο συγκεκριμένα ασχολούμαι με:

    1. Μελέτες δομής και αλληλεπίδρασης μικρών μορίων με σφαιρικές υδατοδιαλυτές πρωτεΐνες. Εύρεση μηχανισμών αναγνώρισης και λειτουργίας. Πρότυπα συστήματα μελέτης: α) οι αλληλεπιδράσεις της λεκτίνης Con Α με σάκχαρα και υδρόφοβα μόρια, β)το ένζυμο DHFR και οι αλληλεπιδράσεις του με αναστολείς που δρουν ως πιθανά αντιβακτηριακά και αντικαρκινικά φάρμακα.

    2. Ανάπτυξη μεθόδων και λογισμικού πρόγνωσης δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών από την ακολουθία τους μόνον. Επίσης, ανάπτυξη μεθόδων και λογισμικού για την εξόρυξη πληροφορίας (data mining) από βάσεις δεδομένων πρωτεϊνών και DNA και ακολουθιών ολόκληρων γονιδιωμάτων καθώς και δημιουργία σημαντικών βάσεων δεδομένων. Πρόσφατα, ιδιαίτερη έμφαση δίνεται σε ανάπτυξη μεθόδων και λογισμικού πρόγνωσης δομής και λειτουργίας διαμεμβρανικών πρωτεϊνών καθώς και βάσεων δεδομένων πού σχετίζονται με δομή και λειτουργία διαμεμβρανικών πρωτεϊνών.

    3. Μελέτες δομής και αυτοσυγκρότησης πεπτιδίων - αναλόγων τμημάτων των πρωτεϊνών του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων, ως νέων/αυτοσυγκροτούμενων πολυμερών με ιδιότητες αμυλοειδών. [UP]

      5. ΜΕΛΟΣ ΣΕ ΕΠΙΣΤΗΜΟΝΙΚΕΣ ΕΤΑΙΡΙΕΣ-ΑΛΛΕΣ ΔΡΑΣΤΗΡΙΟΤΗΤΕΣ

      1. Ελληνικής Εταιρείας Βιολογικών Επιστημών (Ε.Ε.Β.Ε)

      2. Ελληνικής Βιοχημικής και Βιοφυσικής Εταιρείας

      3. International Union of Crystallographers

      4. British Biophysical Society

      Επιστημονικός Υπεύθυνος και Οργανωτής του Μ.Δ.Ε "ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ" το οποίο άρχισε να λειτουργεί τον Οκτώβριο 2003 και χρηματοδοτείται από το ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ.

      Εκλέχθηκα μέλος του διοικητικού συμβουλίου της Ε.Ε.Β.Ε (1988) και γενικός γραμματέας της (1988-1993).

      Διετέλεσα πρόεδρος Επιτροπής Μεταπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών στο Τμήμα μας (1988-89) και μέλος της (1991-1992). Είμαι μέλος της Συντονιστικής Επιτροπής του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών. Επίσης, διετέλεσα μέλος της οργανωτικής επιτροπής συνεδρίων της Ε.Ε.Β.Ε

      Συμμετείχα, ως Έλληνας εμπειρογνώμων, στο C.E.E.-U.L.B. meeting on "Computational resources for Protein Engineering", στις Βρυξέλλες (1985).

      Συμμετείχα ως Έλληνας εμπειρογνώμων στην σύσκεψη υποπρογράμματος για Informational Technology της CGC Biotechnology της E.E.C στις Βρυξέλλες (1988).

      Συμμετείχα ως Έλληνας εμπειρογνώμων στην έκδοση του "1994 Report on Protein Engineering R&D Programmes in Europe" της Ε.C, μετά από πολλές συσκέψεις (1993-1994).

      Συμμετείχα ως Έλληνας εμπειρογνώμων στην δημιουργία του "πιλοτικού" προγράμματος "Coordination of Structural Biology in Europe: National, EC and Industry Joint Efforts" της Ε.C (1995-1997), το οποίο δημιουργήθηκε μετά από σειρά συσκέψεων.

      Διετέλεσα κριτής επιστημονικών προγραμμάτων της Ε.C στον τομέα της Βιοπληροφορικής και της Δομικής Βιολογίας (Bioinformatics / Structural Biology).

      Επίσης, κριτής επιστημονικών προγραμμάτων της Γ.Γ.Ε.Τ και Ελληνικών Πανεπιστημίων.

      Διετέλεσα κριτής των Επιστημονικών περιοδικών "Computer Applications in the Biosciences (CABIOS)", "Bioinformatics", "Proteins", "Protein Engineering", "Journal of Structural Biology", "BMC Bioinformatics", "FEBS Letters", "Nucleic Acids Research", "International Journal of Biological Macromolecules", "Biophysical Journal", "Journal of Proteome Research", "Biopolymers", κ.α. Είμαι editor στα περιοδικά "BMC Bioinformatics", "Advances in Bioinformatics", "Open Applied Informatics Journal", "Advanced Studies in Biology".


      [UP]

      6. ΜΟΝΟΓΡΑΦΙΕΣ

      1. "Θέματα Μοριακής Βιοφυσικής" (1993) Σ.Ι.Χαμόδρακα, Εκδόσεις Συμμετρία, Αθήνα. (Επανέκδοση)

      2. "Εφαρμογές Βιοπληροφορικής-2002" Σ.Ι.Χαμόδρακα,(http://biophysics.biol.uoa.gr/doc/courses/BIOINFORMATICS/)

      3. "ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ: Ένας πρακτικός οδηγός για την ανάλυση γονιδίων και πρωτεϊνών " A.D. Baxevanis & B.F.F. Quelette (2004). Επιμέλεια Ελληνικής Έκδοσης: Ε.Ν. Μουδριανάκης και Σ.Ι. Χαμόδρακας

      4. Hamodrakas, S. J. (1992) Molecular architecture of helicoidal proteinaceous eggshells in "Results and Problems in Cell Differentiation", Vol. 19, (S.T. Case ed.), Ch. 6, pp. 116-186 Springer-Verlag, Berlin-Heidelberg (rev. article).

      5. Willis, J.H., Iconomidou, V.A., Smith, R.F. and Hamodrakas, S.J. Cuticular Proteins in 'Comprehensive Insect Science', (L. I. Gilbert, K. Iatrou, and S. Gill, Eds.), Elsevier, Vol. 4, Ch. 2: 79-110.

      6. Introduction to Protein Structure (2nd Edition) Branden, C. & Tooze, J. Authorized translation in Greek from the English language edition, Glykos, E.N., Kokkinidis, M., Hamodrakas, S.J., Tsernoglou, D. (eds.), Basdra, I. Publishers. (2006)

      7. Sgourakis, N.G., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2009) Computational methods for the prediction of GPCRs coupling selectivity, 2008, in ‘Handbook of Research on Systems Biology Applications in Medicine’, (A. Daskalaki, Eds.), Medical Information Science, Vol. I, Ch. 9: 167-181.

      8. Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2009) Bacterial beta-barrel outer membrane proteins: A common structural theme implicated in a wide variety of functional roles in ‘Handbook of Research on Systems Biology Applications in Medicine’, (A. Daskalaki, Eds.), Medical Information Science, Vol. I, Ch. 10: 182-207.

      9. Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2010) Silkmoth chorion: A natural protective amyloid (Ch. 7) in ‘THE FUNCTIONAL FOLD: Amyloid Structures in Nature’ (Suzi Jarvis & Anika Mostaert, eds.) ISBN 978-981-4267-40-3, Pan Stanford Publishing.

      10. Iconomidou, V.A., Hamodrakas, S.J. (2010) Silkmoth chorion proteins: A protective role for amyloid (Ch. 5: pp 71-88) in ‘Functional amyloid aggregation’ (Stefania Rigacci and Monica Bucciantini eds.) ISBN 978-81-308-0425-5, Research Signpost (publishers).

      11. Willis, J.H., Papandreou, N.C., Iconomidou, V.A., and Hamodrakas, S.J. (2012) Cuticular Proteins in ‘Insect Molecular Biology and Biochemistry’ (L.I. Gilbert ed.) ISBN: 978-0-12-384747-8, Academic Press, Elsevier (publishers).


      [UP]

      7. ΥΠΟΤΡΟΦΙΕΣ-ΕΠΙΧΟΡΗΓΗΣΕΙΣ ΕΡΕΥΝΗΤΙΚΩΝ ΠΡΟΓΡΑΜΜΑΤΩΝ

      1965

      Υποτροφία Ι.Κ.Υ

      1977-1982

      Ετήσιες επιχορηγήσεις ερευνητικών προγραμμάτων από το Παν/μιο Αθηνών.

      1979

      Υπηρεσία Τεχνικής Βοήθειας, Υπουργείο Συντονισμού. Μετάβαση στα Παν/μια Brandeis και Harvard, USA.

      1980

      Υποτροφία του European Molecular Biology Organization (EMBO) για τη μετάβαση στα ερευνητικά Κέντρα EMBL, Heidelberg και M.R.C. Laboratory for Molecular Biology, Cambridge.

      1982

      Υποτροφία του European Molecular Biology Organization (EMBO) για μετάβαση στο ερευνητικό κέντρο European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Heidelberg.

      1983

      Υποτροφία του European Molecular Biology Organization (EMBO) για μετάβαση στο ερευνητικό κέντρο European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Heidelberg.

      1985

      Υποτροφία του European Molecular Biology Organization (EMBO) για μετάβαση στο ερευνητικό κέντρο EMBL, Heidelberg.

      1985

      Υποτροφία του European Molecular Biology Organization (EMBO) για μετάβαση στο ερευνητικό κέντρο EMBL, Heidelberg.

      1995-1996

      Υποτροφία του SRMB (Supercomputing Resources in Molecular Biology) για μετάβαση στο EMBL, Heidelberg.

      1996-2009

      Ετήσιες επιχορηγήσεις ερευνητικών προγραμμάτων από το Παν/μιο Αθηνών.

      Τα ακόλουθα ερευνητικά προγράμματα μου έχουν επιχορηγηθεί:

      1. Π.Α.Ε.Τ 84

      "Μελέτες του χορίου των ωοθυλακίων των μεταξοσκωλήκων, ενός πρότυπου συστήματος οργάνωσης δομικών πρωτεινών, κυτταρικής διαφοροποίησης και μοριακής εξέλιξης"

      2. Π.Α.Ε.Τ 87

      "Βιοχημικές, βιοφυσικές, μορφολογικές και αναπτυξιακές μελέτες του κελύφους των αυγών της πέστροφας Salmo gairdneri"

      3. Π.Α.Ε.Τ 90

      "Μελέτη και συνθετική εξομοίωση τμήματος της φωτοσυνθετικής αλυσίδας. Μοριακός μηχανισμός ανασταλτικής δράσεως παρασιτοκτόνων και ατμοσφαιρικών ρυπαντών"

      4. Π.Α.Ε.Τ 93

      "Βιοφυσικές, Μορφολογικές, Αναπτυξιακές και Βιοχημικές μελέτες του χορίου των ωοθυλακίων των λεπιδοπτέρων Manduca sexta και Sesamia nonagrioides ενός προτύπου συστήματος οργάνωσης δομικών πρωτεϊνών "

      5. Π.Α.Ε.Τ 93

      "Συμβολή στη μελέτη της μοριακής επιλεκτικότητας της διυδροφολικής αναγωγάσης (DHFR): Σχεδιασμός και σύνθεση 4-αδαμάντανο-2,6-διάμινο-τριαζινών ως φαρμάκων-αναστολέων του ενζύμου"

      6. ΠΕΝΕΔ 94

      "Αλληλεπιδράσεις της Λεκτίνης Concanavalin A (Con A) με Σάκχαρα και Υδρόφοβα Μόρια: Θεωρητικές και Κρυσταλλογραφικές Μελέτες. Δοκιμές και Λειτουργικές Ομοιότητες Παρεμφερών Λεκτινών."

      7. ΠΕΝΕΔ 94

      "Συμβολή στη Μελέτη της Μοριακής Επιλεκτικότητας της Διυδροφολικής Αναγωγάσης (DHFR): Σύνθεση, Προσδιορισμός Δομής, Φαρμακολογικός Έλεγχος και Μελέτες Τρόπου Σύνδεσης στο Φυσικό Υποδοχέα Διυδροφολική Αναγωγάση, Λιπόφιλων Συμμετρικών Φαρμάκων"

      8. ΠΕΝΕΔ 94

      "Τα κελύφη των ωοθυλακίων των ιχθύων Dicentrarchus labrax και Sparus aurata ως πρότυπα συστήματα οργάνωσης δομικών πρωτεϊνών: Μορφολογικές, Βιοχημικές, Βιοφυσικές και Αναπτυξιακές μελέτες"

      9. ΠΑΒΕ 96

      "Τρισδιάστατη Βιομοριακή Απεικόνιση"

      10. TMR (E.E.C)

      "GeneQuiz: An Integrated Software System for Molecular Biologists"

      11. EKBAN (1998)

      Ανάπτυξη ολοκληρωμένου δικτυακού υπολογιστικού συστήματος αυτοματοποιημένης μελέτης και ελέγχου βιομοριακών δομών (ΔΑΜΒΙΟ)

      12. ΠΕΝΕΔ 99

      Σχεδίαση, Σύνθεση και Βιοφυσικές Μελέτες Δομής και Αυτοσυγκρότησης Πεπτιδίων Αναλόγων Τμημάτων των Πρωτεϊνών του Χορίου των Ωοθυλακίων των Μεταξοσκωλήκων, ως Νέων, Αυτοσυγκροτούμενων Πολυμερών με Ιδιότητες Αμυλοειδών

      13. ΕΤΑΙΡΕΙΑΣ (1999-2003)

      "Ανάπτυξη Ολοκληρωμένου Περιβάλλοντος για τη Μελέτη Διαμεμβρανικών) Πρωτεϊνικών Υποδοχέων και των Υποκαταστατών τους μέσω του διαδικτύου (ΙΝΤΕRΝΕΤ)", Επιστ. Υπεύθυνος: Καθ. Σ. Χαμόδρακας

      14. ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ 2003

      ΜΔΕ «ΒΙΟΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ»: Νέα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών του Εθνικού Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (2.2.3.α «Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών» ), Επιστ. Υπεύθυνος: Καθ. Σ. Χαμόδρακας

      15. ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ 2003

      "Ηράκλειτος: Υποτροφίες έρευνας με προτεραιότητα στη βασική έρευνα", με θέμα: Πρόγνωση δομής και λειτουργίας μεμβρανικών πρωτεϊνών, Επιστ. Υπεύθυνος: Καθ. Σ. Χαμόδρακας

      16. ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ 2003

      "Πυθαγόρας: Ενίσχυση ερευνητικών ομάδων στα πανεπιστήμια", με θέμα: Ανάπτυξη πρωτότυπης μεθοδολογίας και λογισμικού για τη δημιουργία πολλαπλών στοιχίσεων αλληλουχιών βιολογικών μακρομορίων και την αντικειμενική τους αξιολόγηση (ΠΟ.Σ.Α.ΒΙΟ.ΜΑ), Επιστ. Υπεύθυνος: Καθ. Σ. Χαμόδρακας


      [UP]

      8. ΕΠΙΒΛΕΨΗ ΔΙΔΑΚΤΟΡΙΚΩΝ ΔΙΑΤΡΙΒΩΝ

      Καθοδήγησα τις ακόλουθες διδακτορικές διατριβές (ως υπεύθυνος):

  1. Βιοφυσικές, βιοχημικές, μορφολογικές και αναπτυξιακές μελέτες του κελύφους των αυγών της πέστροφας Salmo gairdneri (Π. Παπαδοπούλου, 1993)

  2. Μελέτες της οργάνωσης των πρωτεϊνών του χορίου των λεπιδοπτέρων (Κ. Ορφανίδου, 1995)

  3. Δομικές μελέτες συνθετικών πεπτιδίων αναλόγων αντιπροσωπευτικών περιοχών πρωτεϊνών χορίων με ελικοειδή αρχιτεκτονική (Δ. Μπενάκη, 1999)

  4. Μελέτες της δομής και οργάνωσης πρωτεϊνών σε εξωκυτταρικά συστήματα με ελικοειδή αρχιτεκτονική και ανάλογα τους (Β. Οικονομίδου, 2002)

  5. Πρόβλεψη δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών από την αμινοξική τους ακολουθία (Β. Προμπονάς, 2004)

  6. Πρόγνωση δομής και λειτουργίας πρωτεϊνών (Π. Μπάγκος, 2005)

  7. Δομικές μελέτες συμπλόκων της διυδροφολικής αναγωγάσης (DHFR) με πρότυπους αναστολείς (Ν. Παπανδρέου, 2005)

  8. Βιοχημικές και Δομικές μελέτες της λεκτίνης Con A (Κ. Παύλου, 2006)

  9. Πρόγνωση δομής και οργάνωσης μεμβρανικών πρωτεϊνών (Ζ. Λίτου, 2009)

    Καθοδηγώ (ως υπεύθυνος) τις ακόλουθες διδακτορικές διατριβές:

        Συμμετείχα και συμμετέχω σε πολλές τριμελείς και επταμελείς επιτροπές εκπονήσεως και εξετάσεως διδακτορικών διατριβών.


        [UP]

      9. ΔΗΜΟΣΙΕΥΣΕΙΣ (ΣΕ ΔΙΕΘΝΗ ΠΕΡΙΟΔΙΚΑ)

        [UP]

        1. Hamodrakas, S. J., Geddes, A. J. and Sheldrick, B. (1974) X-ray analysis of disodium cromoglycate, Journal of Pharmacy and Pharmacology, 26, 54.

        2. Hamodrakas, S. J., Geddes, A. J. and Sheldrick, B. (1974) The crystal structure of β-methylphenylcholine ether bromide, Acta Cryst., B30, 881.

        3. Geddes, A. J., Hamodrakas, S. J. and Sheldrick, B. (1974) (The crystal structure of) N-acetyl methionine methyl ester, C8H15NO3S, Cryst. Struct. Comm., 3, 97.

        4. S. J. Hamodrakas (1974) X-ray crystallographic studies of disodium cromoglycate, β-methylphenylcholine ether bromide and N-acetyl methionine methyl ester, Ph.D Thesis, University of Leeds (U.K).

        5. Hamodrakas, S. J., Filippakis, S. E. and Sheldrick, B. (1977) (The crystal structure of) 2-carboxamidomethyl-4,5-dimethoxy-phenyl diethyl sulfonamide, C14H22N2O5S, Cryst. Struct. Comm., 6, 209.

        6. Hamodrakas, S. J. and Filippakis, S. E. (1977) (The crystal structure of) N-morpholine-4,5 dimethoxy-2-carboxymethyl benzene sulfonamide, C14H19NO7S, Cryst. Struct. Comm., 6, 301.

        7. Hamodrakas, S. J., Akrigg, D. and Sheldrick, B. (1978) (The crystal structure of) Methyl dehydroabietate, C21H30O2, Cryst. Struct. Comm., 7, 429.

        8. Hamodrakas, S. J., Akrigg, D., Sheldrick, B. and Camoutsis, C. (1978) (The crystal structure of) Ethyl-3-[4,5-Dimethoxy-2-(5-methyl-2pyridylsulfamoyl) phenyl] propionate, Acta Cryst., B34, 3426.

        9. Hamodrakas, S. J., Margaritis, L. H. and Nixon, P. E. (1982) Crystalline layer in Drosophila melanogaster eggshell: Arrangement of components as revealed by negative staining and reconstruction, Int. J. Biol. Macromol., 4, 25-31.

        10. Hamodrakas, S. J., Jones, C. W. and Kafatos, F. C. (1982) Secondary structure predictions for silkmoth chorion proteins, Biochim. Biophys. Acta, 700, 42-51.

        11. Hamodrakas, S. J., Asher, S. A., Mazur, G. D., Regier, J. C. and Kafatos, F. C. (1982) Laser-Raman studies of protein conformation in the Silkmoth chorion, Biochim. Biophys. Acta , 703, 216-222.

        12. Regier, J. C., Kafatos, F. C. and Hamodrakas, S. J. (1983) Silkmoth chorion multigene families constitute a superfamily:Comparison of C and B family sequences, Proc. Natln. Acad. Sci. USA, 80, 1043-1047.

        13. Hamodrakas, S. J., Paulson, J. R., Rodakis, G. C. and Kafatos F. C. (1983) X-ray Diffraction studies of a silkmoth chorion, Int. J. Biol. Macromol., 5, 149-153.

        14. Eliopoulos, E. E., Sheldrick, B. and Hamodrakas, S. J. (1983) The crystal structure of Ethyl 3-[4,5-Dimethoxy-2-(4- methyl-2-pyridylsulfamoyl)phenyl] propionate, C19H24N2O8S, Acta Cryst., C39, 743.

        15. Eliopoulos, E. E., Sheldrick, B. and Hamodrakas, S. J. (1983) The crystal structure of Ethyl 3-[4,5-Dimethoxy-2-(3-methyl-2-pyridylsulfamoyl)phenyl] propionate), C19H24N2O8S, Acta Cryst., C39, 1693.

        16. Margaritis, L. H., Hamodrakas, S. J., Arad, T. and Leonard, K. R. (1984) Three Dimensional Reconstruction of Innermost Chorion Layer from Drosophila melanogaster, Biol. Cell, 52 (3), 279-284.

        17. Hamodrakas, S. J. (1984) Twisted ?β-pleated sheet: The Molecular Conformation which possibly dictates the formation of the Helicoidal Architecture of several proteinaceous eggshells, Int. J. Biol. Macromol., 6, 51.

        18. Hamodrakas, S. J. and Kafatos, F. C. (1984) Structural Implications of Primary Sequences from a family of Balbiani Ring-Encoded Proteins in Chironomus, J. Mol. Evol., 20, 296-303.

        19. Hamodrakas, S. J., Kamitsos, E. I. and Papanicolaou, A. (1984) Laser-Raman spectroscopic studies of the Eggshell (Chorion) of Bombyx mori, Int. J. Biol. Macromol., 6, 333-336.

        20. Hamodrakas, S. J., Etmektzoglou, Th. and Kafatos, F. C. (1985) Amino acid Periodicities and Their Structural Implications for the Evolutionarily Conservative Central Domain of Some Silkmoth Chorion Proteins, J. Mol. Biol., 186, 583-589.

        21. Hamodrakas, S. J., Margaritis, L. H., Papassideri, I. and Fowler, A. (1986) Fine structure of the silkmoth Antheraea polyphemus chorion as revealed by X-ray diffraction, and freeze fracturing, Int. J. Biol. Macromol., 8, 237-242.

        22. Papanicolaou, A., Margaritis, L. H. and Hamodrakas, S. J. (1986) Ultrastructural analysis of chorion formation in the silkmoth Bombyx mori, Can. J. Zool., 64, 1158-1173.

        23. Hamodrakas, S. J., Kamitsos, E. I. and Papadopoulou, P. (1987) Laser-Raman and infrared spectroscopic studies of protein conformation in the eggshell of the fish Salmo gairdneri, Biochim. Biophys. Acta, 913, 163-169.

        24. Hamodrakas, S. J. (1988) A protein secondary structure prediction scheme for the IBM-PC and compatibles, Computer applications in the Biosciences, 4 (4), 473-477.

        25. Hamodrakas, S. J., Bosshard, H. E. and Carlson, C. N. (1988) Structural models of the evolutionarily conservative central domain of silkmoth chorion proteins, Protein Engineering, 2 (3), 201-207.

        26. Hamodrakas, S. J., Alexandraki, E., Troganis, A. and Stassinopoulou, C.I. (1989) Models of binding of 4'-nitrophenyl α-D-mannopyranoside to the lectin concanavalin A, Int. J. Biol. Macromol., 11 (1), 17-22.

        27. Hamodrakas, S. J., Batrinou, A. and Christophoratou, T. (1989) Structural and functional features of Drosophila chorion proteins s36 and s38 from analysis of primary structure and infrared spectroscopy, Int. J. Biol. Macromol., 11 (5), 307-313.

        28. Eliopoulos, E., Sheldrick, B. and Hamodrakas, S. J. (1991) (The crystal structure of) 4,5-Dimethoxy-2-[3-(1,4-oxazinan-4-yl)-3-oxopropyl]-N-(2-pyridyl)-benzenesulfonamide Methanol solvate, Acta Cryst., C47, 1212-1215.

        29. Aggeli, A., Hamodrakas, S. J., Komitopoulou, K. and Konsolaki, M. (1991) Tandemly repeating peptide motifs and their secondary structure in Ceratitis capitata eggshell proteins Ccs36 and Ccs38, Int. J. Biol. Macromol., 13, 307-315.

        30. Margaritis, L. H., Hamodrakas, S. J., Papassideri, I. Arad, T. and Leonard, K. R. (1991) Three-dimensional reconstruction of innermost chorion layer of Drosophila grimshawi and Drosophila melanogaster eggshell mutant fs(1)384, Int. J. Biol. Macromol., 13, 247-253.

        31. Orfanidou, C. C., Hamodrakas, S. J., Margaritis, L. H., Galanopoulos, V.K., Dedieu, J. C., and Gulik-Krzywicki, T. (1992) Fine structure of the chorion of Manduca sexta and Sesamia nonagrioides as revealed by scanning electron microscopy and freeze-fracturing, Tissue & Cell, 24(5), 735-744.

        32. Wellman, S. E., Hamodrakas, S. J., Kamitsos, E. I.·and Case, S. T. (1992) Secondary structure of synthetic peptides derived from the repeating unit of a giant secretory protein from Chironomus tentans, Biochim. Biophys. Acta, 1121, 279-285.

        33. Gessman, R., Petratos, K., Hamodrakas, S. J., Tsitsa, P. and Antoniadou-Vyza, E. (1992) Structure of 2-Amino-6-dimethylamino-4-(tricyclo [3.3.1.1.3,7] decyl-1-yl)-1,3,5-triazine, Acta Cryst., C48, 347-350.

        34. Hamodrakas, S. J., Hempel, A., Camerman, N., Ottensmeyer, F. P., Tsitsa, P., Antoniadou-Vyzas, E. and Camerman, A. (1992) Molecular and crystal structure of 2-amino-4-(tricyclo[3.3.1.1.3,7] decyl-1)-6-N-methyl-piperazino-1,3,5-triazine, J. Cryst. Spectrosc. Res., 22, 607-614.

        35. Hamodrakas, S. J. (1992) Molecular architecture of helicoidal proteinaceous eggshells in "Results and Problems in Cell Differentiation", Vol. 19, (S.T. Case ed.), Ch. 6, pp. 116-186 Springer-Verlag, Berlin-Heidelberg (rev. article).

        36. Hempel, A., Camerman, N., Hamodrakas, S. J., Ottensmeyer, F. P., Troganis, A., Stassinopoulou, C. I. and Camerman, A. (1993) 2,2,6,6-Tetramethylpiperidine-1-oxyl-4-yl-α-D-glucopyranoside, Acta Cryst., C49, 298-300.

        37. Kolocouris, A., Kolocouris, N., Foscolos, G. B., Fytas, G., Hempel, A., Camerman, N., Camerman, A. and Hamodrakas, S. J. (1993) Molecular and crystal structures of a tricyclic γ-lactam ketone and its Mannich base, J. Cryst. Spectrosc. Res., 23, 663-668.

        38. Tsitsa, P., Antoniadou-Vyza, E., Hamodrakas, S. J., Eliopoulos, E. E., Tsantili-Kakoulidou, A., Lada-Hytiroglou, E., Roussakis, C., Chinou, I., Hempel, A., Camerman, N., Ottensmeyer, F. P., and Van den Berghe, D. A. (1993) Synthesis, Crystal Structure and Biological Properties of a new Series of Lipophilic s-Triazines, Dihydrofolate Reductase (DHFR) Inhibitors, Eur. J. Med. Chem., 28, 149-158.

        39. Perrakis, A., Hempel, A., Hamodrakas, S. J., Camerman, N., Tsitsa, P., Antoniadou-Vyzas E. and Camerman, A. (1993) Molecular and crystal structure of 2-amino-6-dimethyl amino-4-(-tricyclo[3.3.1.13,7]dec-1-yl) methyl-1,3,5-triazine, J. Cryst. Spectrosc. Res., 23, 821-824.

        40. Perrakis, A., Constantinides, C., Athanasiades, A. and Hamodrakas, S. J. (1995) PBM: A software package to create, display and manipulate interactively models of small molecules and proteins on IBM-compatible, PCs Computer Applications in the Biosciences (CABIOS), 11(2), 141-145.

        41. Orfanidou, C. C., Chryssikos, G. D., Kamitsos, E. I., Wellman, E., Case, S. T. and Hamodrakas, S. J. (1995) Spectroscopic studies of Manduca sexta and Sesamia nonagrioides chorion protein structure, Int. J. Biol. Macromol., 17(2), 93-98.

        42. Hamodrakas, S. J., Perrakis, A. and Antoniadou-Vyzas, E. (1996) A de novo designed possible 5-lipoxygenase inhibitor: a-acetoxy-N-[1-(1-(tricyclo[3.3.1.13,7]dec-1-yl)ethyl]benzene acetamide, Acta Cryst., C52, 677-679.

        43. Perrakis, A., Schneider, T. S., Antoniadou-Vyzas, E., Dauter, Z. and Hamodrakas, S. J. (1996) Refinement of 2-amino-6-(4-methyl-1-piperazinyl)-4-tricyclo[3.3.1.13,7]dec-1-yl)-1,3,5-triazine at three different temperatures using image-plate data, J. Appl. Cryst., 29, 261-264.

        44. Agianian, B., Perrakis, A., Kanellopoulos, P. N., Sheldrick B. and Hamodrakas, S. J. (1997) The crystal and molecular structure of p-nitrophenyl-α-D-mannopyranoside ethanol solvate, Acta Cryst., C53, 811-814.

        45. Papadopoulou, P., Galanopoulos, V. K. and Hamodrakas, S. J. (1996) Molecular and supramolecular architecture of the Salmo gairdneri proteinaceous eggshell during development, J. Struct. Biology, 116, 399-412.

        46. Kanellopoulos, P. N., Pavlou, K., Perrakis, A., Agianian, B., Vorgias, C., Mavrommatis, C., Soufi, M., Tucker, P. A. and Hamodrakas, S. J. (1996) The crystal structure of the complexes of Concanavalin A with 4'-nitrophenyl-α-D-mannopyranoside and 4'-nitrophenyl-α-D-glucopyranoside, J. Struct. Biology, 116, 345-355.

        47. Kanellopoulos, P. N., Pavlou, K., Agianian, B., Tucker, P. A. and Hamodrakas, S. J. (1996) A triclinic crystal form of the lectin Concanavalin A, J. Struct. Biol., 117, 16-23.

        48. Hamodrakas, S. J., Kanellopoulos, P. N., Pavlou, K. and Tucker, P. A. (1997) The crystal structure of the complex of Concanavalin A with 4'- methylumbelliferyl-α-D-glucopyranoside, J. Struct. Biol., 118, 23-30.

        49. Benaki, D. C., Aggeli, A., Chryssikos, G. D., Yiannopoulos, Y. D., Brumley, E., Case, S. T., Boden, N. and Hamodrakas, S. J. (1998) Laser-Raman and FT-IR spectroscopic studies of peptide-analogues of silkmoth chorion protein segments, Int. J. Biol. Macromol., 23(1), 49-59.

        50. Pasquier, C. M., Promponas, V. I., Varvayannis, N. J. and Hamodrakas, S. J. (1998) A web server to locate periodicities in a sequence, Bioinformatics, 14(8), 749-50.

        51. Iconomidou, V. A., Willis, J. H. and Hamodrakas, S. J. (1999) Is beta-pleated sheet the molecular conformation which dictates formation of helicoidal cuticle? Insect Biochem. Mol. Biol., 29(3), 285-92.

        52. Promponas, V. J., Palaios, G., Pasquier, C. M., Hamodrakas, J. S. and Hamodrakas S. J. (1999) CoPreTHi: A Web tool which combins transmembrane protein segment prediction methods, In Silico Biology, 3, 1-4.

        53. Pasquier, C., Promponas, V. J., Palaios, G. A., Hamodrakas, J. S., and Hamodrakas, S. J. (1999) A novel method for predicting transmembrane segments in proteins based on a statistical analysis of the SwissProt database: the PRED-TMR algorithm, Protein Eng., 12(5), 381-5.

        54. Pasquier, C., and Hamodrakas, S. J. (1999) An hierarchical artificial neural network system for the classification of transmembrane proteins, Protein Eng., 12(8), 631-4.

        55. Perrakis, A., Antoniadou-Vyzas, E., Tsitsa, P., Lamzin, V. S., Wilson, K. S. and Hamodrakas, S. J. (1999) Molecular, crystal and solution structure of a β-cyclodextrin complex with ADM-10, a potent antimicrobial drug, Carbohydrate Res., 317(1-4), 19-28.

        56. Iconomidou, V. A.; Vriend, G.A. and Hamodrakas, S. J. (2000) Amyloids protect the silkmoth oocyte and embryo, FEBS Letters, 479, 141-5.

        57. Promponas, V. J.; Enright, A. J.; Tsoka, S.; Kreil, D. P.; Leroy, C. and Hamodrakas, S. J.; Sander, C.; Ouzounis, C. A. (2000) CAST: an iterative algorithm for the complexity analysis of sequence tracts. Bioinformatics, 16(10), 915-922.

        58. Iconomidou, V. A., Chryssikos, G. D., Gionis, V., Pavlidis, M. A., Paipetis, A. and Hamodrakas, S. J. (2000) Secondary structure of chorion proteins of the teleostean fish Dentex dentex by ATR FT-IR and FT-Raman spectroscopy, J. Struct. Biol., 132, 112-122.

        59. Iconomidou, V. A., Chryssikos, G. D., Gionis, V., Willis, J. H. and Hamodrakas, S. J. (2001) "Soft"-cuticle protein secondary structure as revealed by FT-Raman, ATR FT-IR and CD spectroscopy, Insect Biochem. Mol. Biol., 31, 877-885.

        60. Liakopoulos, T. D., Pasquier, C. and Hamodrakas, S. J. (2001) A novel tool for the prediction of transmembrane protein topology based on a statistical analysis of the SwissProt database: the OrienTM algorithm, Protein Eng, 14, 387-390.

        61. Karmirantzou, M. and Hamodrakas, S. J. (2001) A database of DNA-binding proteins: an approach for protein family classification, Protein Eng., 14(7), 465-472.

        62. Iconomidou, V. A., Chryssikos, G. D., Gionis, V., Vriend, G., Hoenger, A. and Hamodrakas, S. J. (2001) Amyloid-like fibrils from an 18-residue peptide-analogue of a part of the central domain of the B-family of silkmoth chorion proteins, FEBS Letters, 499, 268-273.

        63. Pasquier, C., Promponas, V. I. and Hamodrakas, S. J. (2001) PRED-CLASS: Cascading neural networks for generalized protein classification and genome-wide applications, Proteins, 44, 361-369.

        64. Iconomidou, V.A. and Hamodrakas, S.J. (2001) Amyloid-like fibrils from a peptide-analogue of the central domain of silkmoth chorion proteins. In A. Aggeli, N. Boden, S, Zhang"Self-Assembling Peptide Systems in Biology, Medicine, and Engineering" , Chapter 12, 161-169, Kluwer Press.

        65. Hamodrakas, S.J., Willis, J.H. and Iconomidou, V.A. (2002) A structural model of the chitin-binding domain of cuticle proteins, Insect Biochem. Mol. Biol., 32,1577-1583.

        66. Papandreou, N. C., Makedonopoulou, S., Antoniadou-Vyza, E. A., Mavridis, I. M. and Hamodrakas, S. J. (2002) 2,4-Diamino-5-(1-naphthyl)-3,5-diaza-1-azoniaspiro[5.5]undeca-1,3-diene chloride, Acta Cryst., C58, 730-732.

        67. Iliopoulos, I., Tsoka, S., Andrade, M., Enright, A.J., Carroll, M., Poullet, P., Promponas, V., Liakopoulos, T., Palaios, G., Pasquier, C., Hamodrakas, S., Tamames, J., Yagnik, A., Tramontano, A., Devos, D., Blaschke, C., Valencia, A., Brett, D., Martin, D., Leroy, C., Rigoutsos, I., Sander, C., Ouzounis, C.A. (2003) Evaluation of Annotation Strategies using an Entire Genome Sequence. Bioinformatics, 19 (6), 717-726.

        68. Iconomidou, V.A., Chryssikos, G.D., Gionis, V., Hoenger, A., Hamodrakas, S.J. (2003) FT-Raman Spectroscopy as diagnostic tool of Congo red binding to amyloids. Biopolymers (Biospectroscopy), 72, 185-192.

        69. Benaki, D.C, Mikros, E., Hamodrakas, S.J. (2003) Conformational Analysis of Peptide Analogues of Silkmoth Chorion Protein Segments Using CD, NMR and Molecular Modelling. Journal of Peptide Science.

        70. Papasaikas, P.K., Bagos, P.G., Litou, Z.I. and Hamodrakas, SJ. (2003) A novel method for GPCR recognition and family classification, from sequence alone, using signatures derived from profile Hidden Markov models, S.A.R-Q.S.A.R Environmen. Research, 14(5-6), 413-420.

        71. Vernikos, G.S., Gkogkas, C.G., Promponas, V.J. and Hamodrakas, S.J. (2003) GeneViTo: visualizing gene-product functional and structural features in genomic datasets, BMC Bioinformatics, 4:53.

        72. Hamodrakas, S.J., Hoenger, A., Iconomidou, V.A. (2004) Amyloid fibrillogenesis of silkmoth chorion protein peptide-analogues via a liquid crystalline intermediate phase. J. Struct. Biol., 145, 226-235.

        73. Pashou, E.E., Litou, Z.I., Liakopoulos, Th.D. and Hamodrakas, S.J. (2004) waveTM: Wavelet-based transmembrane segment prediction. In Silico Biol.4, 0012.

        74. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2004) A Hidden Markov Model capable of predicting and discriminating beta-barrel outer membrane proteins. BMC Bioinformatics, 2004, 5:29.

        75. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2004) PRED-TMBB: A web server for predicting the topology of β-barrel outer membrane proteins Nucleic Acids Res, 32, W400-404.

        76. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Hamodrakas, S.J. (2004) Maximum Likelihood and Conditional Maximum Likelihood learning algorithms for Hidden Markov Models with labeled data. Journal of Computational Methods in Sciences and Engineering, In Press.

        77. Papasaikas, P.K., Bagos, P.G., Litou, Z.I., Promponas V.J. and Hamodrakas, S.J. (2004) PRED-GPCR: GPCR recognition and family classification server. Nucleic Acids Res, 32, W380-382.

        78. Spyropoulos, I.C., Liakopoulos, T.D., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2004) TMRPres2D: high quality visual representation of transmembrane protein models. Bioinformatics, 20(17), 3258-3260.

        79. Magkrioti, C.K., Spyropoulos, I.C., Iconomidou, V.A., Willis, Hamodrakas, S.J. (2004) CuticleDB: a relational database of Arthropod cuticular proteins. BMC Bioinformatics, 5: 138.

        80. Elefsinioti, A.L., Bagos, P.G., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2004) A database for G proteins and their interaction with GPCRs. BMC Bioinformatics, 5(1), 208.

        81. Bagos, P.G., Liakopoulos, Hamodrakas, S.J. (2004) Finding beta-barrel outer membrane proteins with a markov chain model. WSEAS Transactions on Biology and Biomedicine, 2(1), 186-189.

        82. Bagos, P.G., Liakopoulos, Hamodrakas, S.J. (2004) Faster Gradient Descent Training of Hidden Markov Models, Using Individual Learning Rate Adaptation. Proceedings of ICGI 2004 Lecture Notes In Artificial Intelligence, 2(1), Vol. 3264, pp. 40-52.

        83. Bagos, P.G., Liakopoulos, T.D., Promponas, V.J., Hamodrakas, S.J. (2004) Topology prediction of β-barrel outer membrane proteins. Proc Indian Natl Sci Acad., B71(1), 19-41.

        84. Bagos, P.G., Liakopoulos, Th.D., Hamodrakas, S.J. (2005) Evaluation of methods for predicting the topology of β-barrel outer membrane proteins and a consensus prediction method. BMC Bioinformatics, 6:7.

        85. Iconomidou, V.A., Willis, J.H., Hamodrakas, S.J. (2005) Unique features of the structural model of hard cuticle proteins: implications for chitin-protein interactions and cross-linking in cuticle. Insect Biochem. Mol. Biol., 35(6), 553-60.

        86. Willis, J.H., Iconomidou, V.A., Smith, R.F. Hamodrakas, S.J. (2005) Cuticular Proteins in 'Comprehensive Insect Science', (L. I. Gilbert, K. Iatrou, and S. Gill, Eds.). Elsevier, Oxford, Vol. 4, Ch. 2: 79-110.

        87. Sgourakis, N.G., Bagos, P.G., Papasaikas, P.K. and Hamodrakas, S.J. (2005) A method for the prediction of GPCRs coupling specificity to G-proteins using refined profile Hidden Markov Models. BMC Bioinformatics, 6:104.

        88. Sgourakis, N.G., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2005) Prediction of the coupling specificity of GPCRs to four families of G-proteins using hidden Markov models and artificial neural networks. Bioinformatics, 21(22), 4101-6.

        89. Bagos, P.G., Liakopoulos, Th.D., Hamodrakas, S.J. (2006) Algorithms for incorporating prior topological information in HMMs: application to transmembrane proteins. BMC Bioinformatics, 7: 189.

        90. Petsalaki, E.I., Bagos, P.G., Litou, Z.I., Hamodrakas, S.J. (2006) PredSL: A Tool for the N-terminal Sequence-based Prediction of Protein Subcellular Localization. Geno. Prot. Bioinfo., 4: 1.

        91. Iconomidou, V.A., Chryssikos, G.D., Gionis V, Galanis, A.S., Cordopatis, P., Hoenger, A., Hamodrakas, S.J. (2006) Amyloid fibril formation propensity is inherent into the hexapeptide tandemly repeating sequence of the central domain of silkmoth chorion proteins of the A-family. J. Struct. Biol., 156, 480-488.

        92. Bagos, P.G., Karnaouri, A.C., Nikolopoulos, G.K., Hamodrakas, S.J. (2007) No evidence for association of CTLA-4 gene polymorphisms with the risk of developing Multiple Sclerosis: a meta-analysis. Multiple Sclerosis. 13, 156-168.

        93. Iconomidou, V.A., Georgaka, M.E., Chryssikos, G.D., Gionis, V., Megalofonou, P., Hamodrakas, S.J. (2007) Dogfish egg case structural studies by ATR FT-IR and FT-Raman spectroscopy. Int. J. Biol. Macromol., 41(1), 102-108.

        94. Hamodrakas, S.J., Christina Liappa, C. Iconomidou, V.A. (2007) Consensus prediction of amyloidogenic determinants in amyloid fibril-forming proteins. Int. J. Biol. Macromol., 41(3),295-300.

        95. Kastritis, P.L., Papandreou, N.C., Hamodrakas, S.J. (2007) Haloadaptation: Insights from comparative modeling studies of halophilic archaeal DHFRs. Int. J.Biol. Macromol., 41(4),447-53.

        96. Karouzou, M.V., Spyropoulos, Y., Iconomidou, V.A., Cornman, R.S., Hamodrakas, S.J., Willis, J.H. (2007) Drosophila cuticular proteins with the R&R Consensus: annotation and classification with a new tool for discriminating RR-1 and RR-2 sequences. Insect Biochem Mol Biol., 37(8), 754-60.

        97. Litou, Z.I., Bagos, P.G., Tsirigos, K.D., Liakopoulos, Th.D., Hamodrakas, S.J. (2008) Prediction of Cell Wall sorting signals in Gram-positive bacteria with a Hidden Markov Model: application to complete genomes. IJBCB, 6(2), 387-401.

        98. Iconomidou, V.A. and Hamodrakas, S.J. (2008) Natural Protective Amyloids. Curr. Prot. Pept. Sci., 9(3), 291-309.

        99. Nikolopoulos, G.K., Dimou, N.L., Hamodrakas, S.J., Bagos, P.G. (2008) Cytokine gene polymorphisms in periodontal disease: a meta-analysis of 53 studies including 4178 cases and 4590 controls. J Clin Periodontol, 35(9), 754-767.

        100. Theodoropoulou, M.C., Bagos, P.G., Spyropoulos, I.C., Hamodrakas, S.J. (2008) gpDB: a database of GPCRs, G-proteins, effectors and their interactions. Bioinformatics, 24(12), 1471-1472.

        101. Bagos, P.G., Tsirigos, K.D., Liakopoulos, T.D., (2008) Prediction of Lipoprotein Signal Peptides in Gram-Positive Bacteria with a Hidden Markov Model. J Proteome Res, 7(12), 5082-5093. Hamodrakas, S.J.

        102. Skopeliti, M., Iconomidou, V.A., Derhovanessian, E., Pawelec, G., Voelter, W., Kalbacher, H., Hamodrakas, S.J., Tsitsilonis, O.E. (2009) Prothymosin alpha immunoactive carboxyl-terminal peptide TKKQKTDEDD stimulates lymphocyte reactions, induces dendritic cell maturation and adopts a beta-sheet conformation in a sequence-specific manner. Mol Immunol, 46(5), 784-792.

        103. Bagos, P.G., Tsirigos, K.D. Plessas, S.K., Liakopoulos, T.D., Hamodrakas, S.J . (2009) Prediction of signal peptides in archaea. Protein Eng Des Sel, 22(1), 27-35.

        104. Frousios, K.K., Iconomidou, V.A., Karletidi, C.M., Hamodrakas, S.J. (2009) Amyloidogenic determinants are usually not buried. BMC Struct Biol., 9(1): 44.

        105. Bagos, P.G., Tsaousis, G.N., Hamodrakas, S.J.(2009)How many 3D structures do we need to train a predictor? Genomics Proteomics Bioinformatics, 7(3):128-37.

        106. Dimou, N.L., Nikolopoulos, G.K., Hamodrakas, S.J., Bagos, P.G.(2010) Fcgamma receptor polymorphisms and their association with periodontal disease: a meta-analysis.J Clin Periodontol.,37(3):255-65.

        107. Anthopoulos, P.G., Hamodrakas, S.J., Bagos, P.G. (2010) Apolipoprotein E polymorphisms and type 2 diabetes: a meta-analysis of 30 studies including 5423 cases and 8197 controls. Mol Genet Metab., 100(3):283-91.

        108. Tsaousis, G.N., Tsirigos, K.D., Andrianou, X.D., Liakopoulos, T.D., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2010) ExTopoDB: A database of experimentally derived topological models of transmembrane proteins. Bioinformatics, 26(19): 2490-2492.

        109. Satagopam, V.P., Theodoropoulou, M.C., Stampolakis, C.K., Pavlopoulos, G.A., Papandreou, N.C., Bagos, P.G., Schneider, R., Hamodrakas, S.J. (2010) GPCRs, G-proteins, Effectors and their interactions: Human-gpDB, a database employing advanced visualization tools and data integration techniques. Database (Oxford), Vol. 2010, Article ID baq019.

        110. Papandreou, N.C., Iconomidou, V.A., Willis, J.H., Hamodrakas, S.J. (2010) A possible structural model of members of the CPF family of cuticular proteins implicating binding to components other than chitin. J Insect Physiol., 56(10), 1420-1426.

        111. Tsirigos, K.D., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2011) OMPdb: A database of ?arrel outer membrane proteins from Gram negative bacteria. Nucleic Acids Res., 39(Database issue): D324-31. doi:10.1093/nar/gkq863

        112. Hamodrakas, S.J. (2011) Protein aggregation and amyloid fibril formation prediction software from primary sequence: towards controlling the formation of bacterial inclusion bodies. FEBS J., 278(14), 2428?2435. doi: 10.1111/j.1742-4658.2011.08164.x.

        113. Srivastava, A.K., Iconomidou, V.A., Chryssikos, G.D., Gionis, V., Kumar, K., Hamodrakas, S.J. (2011) Secondary structure of chorion proteins of the Lepidoptera Pericallia ricini and Ariadne merione by ATR FT-IR and micro-Raman spectroscopy. Int J Biol Macromol.,49(3), 317-22. doi:10.1016/j.ijbiomac.2011.05.006

        114. Iconomidou, V.A., Cordopatis, P., Hoenger, A., Hamodrakas, S.J. (2011) The silkmoth eggshell as a natural amyloid shield for the safe development of insect oocyte and embryo: Insights from studies of silkmoth chorion protein peptide-analogues of the B family. Peptide Science,Biopolymers, 96(6): 723-733. doi: 10.1002/bip.21606

        115. Chatzigeorgiou, K.S., Sergentanis, T.N., Tsiodras, S., Hamodrakas, S.J., Bagos, P.G. (2011) Phoenix 100 versus Vitek 2 in the Identification of Gram-Positive and Gram-Negative Bacteria: a Comprehensive Meta-Analysis. J Clin Microbiol., 49(9):3284-91. doi:10.1128/JCM.00182-11

        116. Iconomidou, V.A., Pheida, D., Hamodraka, E.S., Antony, C., Hoenger, A., Hamodrakas, S.J. (2012) An amyloidogenic determinant in N-terminal pro-brain natriuretic peptide (NT-proBNP): Implications for cardiac amyloidoses. Biopolymers: Peptide Science, 98 (1): 67-75. doi: 10.1002/bip.21698.

        117. Spyridopoulou, K., Dimou, N.L., Hamodrakas, S.J., Bagos, P.G. (2012) Methylene Tetrahydrofolate Reductase gene polymorphisms and their association with methotrexate toxicity: A meta-analysis. Pharmacogenetics and Genomics, 22(2):117-33. doi: 10.1097/FPC.0b013e32834ded2a

        118. Stoubos, S., Anthopoulos, P.G., Hamodrakas, S.J., Bagos, P.G. (2012) The association between apolipoprotein E gene polymorphisms and essential hypertension: a meta-analysis of 45 studies including 13940 cases and 16364 controls. Journal of Human Hypertension. doi: 10.1038/jhh.2012.37

        119. Tsolis, A.C., Papandreou, N.C., Iconomidou, V.A., Hamodrakas, S.J. (2013) A Consensus Method for the Prediction of "Aggregation-Prone" Peptides in Globular Proteins. PLoS ONE, 8(1): e54175. doi:10.1371/journal.pone.0054175

        120. Giannopoulos, N.G., Michalopoulos, I., Papandreou, N.C., Malatras, A., Iconomidou, V.A., Hamodrakas, S.J. (2013) LepChorionDB, a database of Lepidopteran chorion proteins and a set of tools useful for the identification of chorion proteins in Lepidopteran proteomes. Insect Biochem Mol Biol., 43: 189-196. doi: 10.1016/j.ibmb.2012.12.001.

        121. Iconomidou, V.A., Leontis, A., Hoenger, A., Hamodrakas, S.J. (2013) Identification of a novel 'aggregation-prone'/'amyloidogenic determinant' peptide in the sequence of the highly amyloidogenic human calcitonin. FEBS Lett. 587 (2013) 569-574. doi: 10.1016/j.febslet.2013.01.031.

        122. Kotta-Loizou, I., Tsaousis, G.N., Hamodrakas, S.J. (2013) Analysis of Molecular Recognition Features (MoRFs) in membrane proteins. Biochim Biophys Acta., 1834(4):798-807. doi: 10.1016/j.bbapap.2013.01.006.

        123. Baltoumas, F.A., Theodoropoulou, M.C., Hamodrakas, S.J. (2013) Interactions of the α-subunits of heterotrimeric G-proteins with GPCRs, effectors and RGS proteins: A critical review and analysis of interacting surfaces, conformational shifts, structural diversity and electrostatic potentials. J Struct Biol., 182(3): 209-18. doi: 10.1016/j.jsb.2013.03.004.

        124. Gypas, F., Tsaousis, G.N., Hamodrakas, S.J. (2013) mpMoRFsDB: a database of molecular recognition features in membrane proteins. Bioinformatics, 29(19):2517-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btt427

        125. Louros, N.N., Iconomidou, V.A., Giannelou, P., Hamodrakas, S.J. (2013) Structural Analysis of Peptide-Analogues of Human Zona Pellucida ZP1 Protein with Amyloidogenic Properties: Insights into Mammalian Zona Pellucida Formation. PLoS ONE 8(9): e73258. doi:10.1371/journal.pone.0073258

        126. Louros, N.N., Iconomidou, V.A., Tsiolaki, P.L., Chrysina, E.D., Baltatzis, G.E., Patsouris, E.S., Hamodrakas, S.J. (2014) An N-terminal pro-atrial natriuretic peptide (NT-proANP) 'aggregation-prone' segment involved in isolated atrial amyloidosis. FEBS Lett., 588: 52-57. doi: 10.1016/j.febslet.2013.10.049

        127. Tsaousis, G.N., Bagos, P.G., Hamodrakas, S.J. (2014) HMMpTM: Improving transmembrane protein topology prediction using phosphorylation and glycosylation site prediction. Biochim Biophys Acta., 1844(2): 316-322. doi: 10.1016/j.bbapap.2013.11.001

        128. Papadimitriou, K., Anastasiou, R., Mavrogonatou, E., Blom, J., Papandreou, N.C., Hamodrakas, S.J., Ferreira, S., Renault, P., Supply, P., Pot, B., Tsakalidou, E. (2014) Comparative genomics of the dairy isolate Streptococcus macedonicus ACA-DC 198 against related members of the Streptococcus bovis/Streptococcus equinus complex. BMC Genomics, 15:272. doi: 10.1186/1471-2164-15-272

        129. Nastou, K.C., Tsaousis, G.N., Kremizas, K.E., Litou, Z.I., Hamodrakas, S.J. (2014) The Human Plasma Membrane Peripherome: Visualization and Analysis of Interactions. BioMed Research International, vol. 2014. doi: 10.1155/2014/397145

        130. Ioannidou, Z.S., Theodoropoulou, M.C., Papandreou, N.C., Willis, J.H., Hamodrakas, S.J. (2014) CutProtFam-Pred: Detection and classification of putative structural cuticular proteins from sequence alone, based on profile Hidden Markov Models. Insect. Biochem. Mol. Biol., Volume 52, September 2014, Pages 51-59. doi: 10.1016/j.ibmb.2014.06.004

        131. Louros, N.N., Petronikolou N., Karamanos T., Cordopatis P., Iconomidou, V.A., Hamodrakas, S.J. (2014) Structural studies of 'aggregation-prone' peptide-analogues of teleostean egg chorion ZPB proteins. Biopolymers. doi: 110.1002/bip.22563
        132. Tsiolaki, P.L., Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2015) The pentapeptide LQVVR plays a pivotal role in human cystatin C fibrillization. FEBS Lett. 2015 Jan 2;589(1):159-64. Epub 2014 Dec 3. doi: 10.1016/j.febslet.2014.11.041
        133. Papadimitriou, K., Anastasiou, R., Maistrou, E., Plakas, T., Papandreou, N.C., Hamodrakas, S.J., Ferreira, S., Supply, P., Renault, P., Pot, B., Tsakalidou, E. (2015) Acquisition through horizontal gene transfer of plasmid pSMA198 by Streptococcus macedonicus ACA-DC 198 points towards the dairy origin of the species. PLoS One. 2015 Jan 13;10(1):e0116337. doi: 10.1371/journal.pone.0116337
        134. Louros, N.N., Tsiolaki, P.L., Zompra, A.A., Pappa, E.V., Magafa, V., Pairas, G., Cordopatis, P., Cheimonidou, C., Trougakos, I.P., Iconomidou, V.A., Hamodrakas, S.J.(2015) Structural Studies and Cytotoxicity Assays of "Aggregation-Prone" IAPP8-16 and its Non-Amyloidogenic Variants Suggest its Important Role in Fibrillogenesis and Cytotoxicity of Human Amylin (hIAPP). Biopolymers. Volume 104, Issue 3, pp. 196-205, May 2015. doi: 10.1002/bip.22650
        135. Louros, N.N., Tsiolaki, P.L., Griffin, M.D., Howlett, G.J., Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2015) Chameleon 'aggregation-prone' segments of apoA-I: A model of amyloid fibrils formed in apoA-I amyloidosis. Int. J. Biol. Macromol. Volume 79, pp. 711-718, August 2015. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2015.05.032
        136. Tsiolaki, P.L., Louros, N.N., Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2015) Exploring the 'aggregation-prone' core of human Cystatin C: A structural study. J. Struct. Biol. Sep;191(3):272-80. Epub 2015 Jul 31. doi: 10.1016/j.jsb.2015.07.013
        137. Rerra, A.I.G., Grimanelli, V.P., Papandreou, N.C., Hamodrakas, S.J. (2016) Optimizing the Aggregation Propensity of Therapeutic Monoclonal Antibodies against Cancer and Autoimmune Diseases: A Computational Study. Int. J. Biochem. Res. Rev. 10(1): 1-15, 2016, Article no.IJBcRR.23216. doi: 10.9734/IJBCRR/2016/23216
        138. Kostiou V.D., Theodoropoulou M.C., Hamodrakas S.J. (2016) GprotPRED: Annotation of Galpha, Gbeta and Ggamma subunits of G-proteins using profile hidden Markov models (pHMMs) and application to proteomes. Biochim. Biophys. Acta Volume 1864, Issue 5, pp. 435-440. doi: 10.1016/j.bbapap.2016.02.005
        139. Louros, N.N., Chrysina, E.D., Baltatzis, G.E., Patsouris, E.S., Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2016) A common "aggregation-prone" interface possibly participates in the self-assembly of human zona pellucida proteins. FEBS Letters, 590: 619-630. doi: 10.1002/1873-3468.12099
        140. Louros, N.N., Baltoumas, F.A., Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2016) A beta-solenoid model of the Pmel17 repeat domain: insights to the formation of functional amyloid fibrils. J. Comput. Aided. Mol. Des. Feb;30(2):153-64. doi: 10.1007/s10822-015-9892-x.
        141. Nastou, K.C., Tsaousis, G.N., Papandreou, N.C., Hamodrakas, S.J. (2016) MBPpred: Proteome-wide detection of membrane lipid-binding proteins using profile Hidden Markov Models. Biochim. Biophys. Acta Volume 1864, Issue 7, pp. 747-754. doi: 10.1016/j.bbapap.2016.03.015.
        142. Louros, N.N., Bolas, G.M., Tsiolaki, P.L., Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2016) Intrinsic Aggregation Propensity of the CsgB Nucleator Protein is Crucial for Curli Fiber Formation. J. Struct. Biol. Aug;195(2):179-89. Epub 2016 May 28. doi: 10.1016/j.jsb.2016.05.012.
        143. Baltoumas, F.A., Theodoropoulou, M.C., Hamodrakas, S.J. (2016) Molecular dynamics simulations and structure-based network analysis reveal structural and functional aspects of G-protein coupled receptor dimer interactions. J. Comput. Aided. Mol. Des. Jun;30(6):489-512. doi: 10.1007/s10822-016-9919-y.
        144. Tsiolaki, P.L., Louros, N.N., Zompra, A.A., Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2016) Unraveling the aggregation propensity of human insulin C-peptide. Biopolymers. 2016 Jun 3. [Epub ahead of print] doi: 10.1002/bip.22882.
        145. Kanost, M.R., (...), Hamodrakas, S.J., (...), Blissard (2016) Multifaceted biological insights from a draft genome sequence of the tobacco hornworm moth, Manduca sexta. Insect Bioch. and Mol. Biol. 76 (2016) pp. 118-147. doi: 10.1002/bip.22882.
        146. Tsaousis, G.N., Hamodrakas, S.J., Bagos, P.G. (2017) Predicting Beta Barrel Transmembrane Proteins Using HMMs. Methods Mol. Biol. 1552:43-61. doi:10.1007/978-1-4939-6753-7_4.
        147. Tsaousis, G.N., Theodoropoulou, M.C., Hamodrakas, S.J., Bagos, P.G. (2017) Predicting Alpha Helical Transmembrane Proteins Using HMMs. Methods Mol. Biol. 1552:63-82. doi:10.1007/978-1-4939-6753-7_5.
        148. Biza, K.V., Nastou, K.C., Tsiolaki, P.L., Mastrokalou, C.V., Hamodrakas, S.J., Iconomidou, V.A. (2017) The amyloid interactome: Exploring protein aggregation. PLoS ONE Mar 1;12(3):e0173163. doi:10.1371/journal.pone.0173163.